47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2299 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2299  hypothetical protein  100 
 
 
406 aa  829    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0499582  normal  0.188357 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3089  hypothetical protein  61.33 
 
 
376 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2205  hypothetical protein  60.34 
 
 
374 aa  501  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2820  hypothetical protein  61.33 
 
 
376 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1522  hypothetical protein  53.85 
 
 
396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1575  hypothetical protein  53.85 
 
 
398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1590  hypothetical protein  51.31 
 
 
424 aa  431  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.004836  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3276  hypothetical protein  50.74 
 
 
369 aa  418  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3609  hypothetical protein  36.43 
 
 
355 aa  168  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3534  hypothetical protein  23.88 
 
 
317 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.749754  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0654  hypothetical protein  27.8 
 
 
376 aa  73.2  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000103467  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06990  hypothetical protein  25.1 
 
 
349 aa  61.6  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.481755  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0724  hypothetical protein  24.8 
 
 
352 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4756  hypothetical protein  23.62 
 
 
330 aa  59.7  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.291792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5562  hypothetical protein  23.74 
 
 
356 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.586136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64030  hypothetical protein  23.74 
 
 
356 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0818  hypothetical protein  22.13 
 
 
357 aa  57  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000421485  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3440  hypothetical protein  23.14 
 
 
350 aa  56.2  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0624  hypothetical protein  22.13 
 
 
355 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0004  hypothetical protein  25.12 
 
 
240 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.766809  normal  0.6832 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0723  hypothetical protein  20.87 
 
 
322 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000352049  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1044  hypothetical protein  22.84 
 
 
328 aa  55.5  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.92323  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0751  hypothetical protein  20.87 
 
 
322 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000282854  normal  0.0187498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3238  hypothetical protein  20.87 
 
 
322 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000115985  hitchhiker  0.0000123678 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4041  hypothetical protein  22.71 
 
 
328 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2137  hypothetical protein  23.25 
 
 
370 aa  54.7  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.363757  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3334  hypothetical protein  20.78 
 
 
323 aa  54.7  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0113403  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0609  hypothetical protein  21.96 
 
 
355 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0757448 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3050  hypothetical protein  21.92 
 
 
323 aa  53.9  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0197818  normal  0.708166 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0766  hypothetical protein  20.87 
 
 
322 aa  53.9  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000559534  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0779  hypothetical protein  20.08 
 
 
322 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716166  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0804  hypothetical protein  20.08 
 
 
322 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000289618  hitchhiker  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0603  hypothetical protein  21.96 
 
 
355 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0811  hypothetical protein  20.08 
 
 
322 aa  53.5  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000176131  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0542  hypothetical protein  21.48 
 
 
323 aa  53.1  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00442686  normal  0.62984 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0772  hypothetical protein  20.87 
 
 
323 aa  52.4  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000918011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4601  hypothetical protein  21.65 
 
 
355 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0841825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0564  hypothetical protein  21.65 
 
 
362 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0688358  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3906  hypothetical protein  20.99 
 
 
322 aa  52.4  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3227  hypothetical protein  21.48 
 
 
323 aa  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00830452  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3565  hypothetical protein  21.59 
 
 
323 aa  51.2  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4839  hypothetical protein  22.18 
 
 
359 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0862  hypothetical protein  21.98 
 
 
376 aa  50.8  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4378  hypothetical protein  21.88 
 
 
359 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2978  hypothetical protein  22.31 
 
 
338 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.437522  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03592  hypothetical protein  21.51 
 
 
330 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.374945  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2282  hypothetical protein  23.55 
 
 
361 aa  42.7  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>