86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1218 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1218  tRNA-hydroxylase  100 
 
 		 256 aa  531  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0353203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2514  tRNA--hydroxylase  71.76 
 
 		 256 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000610291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2687  tRNA--hydroxylase  66.8 
 
 		 260 aa  363  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000622771  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2667  tRNA hydroxylase  66.4 
 
 		 256 aa  361  8e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124077  normal  0.130921 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1788  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  65.49 
 
 		 261 aa  360  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1484  tRNA--hydroxylase  66.8 
 
 		 269 aa  360  1e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069661  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2569  tRNA hydroxylase  66.01 
 
 		 256 aa  358  4e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0478481  normal  0.0245965 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2501  tRNA--hydroxylase  66.4 
 
 		 256 aa  357  8e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000283647  hitchhiker  0.00985361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3119  tRNA--hydroxylase  67.73 
 
 		 254 aa  357  9e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.104699  decreased coverage  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2203  tRNA--hydroxylase  62.69 
 
 		 269 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1621  tRNA--hydroxylase  64.82 
 
 		 256 aa  350  1e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00164338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2756  tRNA-hydroxylase  64.82 
 
 		 256 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00188703  normal  0.0609241 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1535  tRNA--hydroxylase  65.61 
 
 		 258 aa  345  5e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.706761  normal  0.0428369 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1598  tRNA--hydroxylase  64.03 
 
 		 256 aa  345  5e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00695682  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1587  tRNA--hydroxylase  64.03 
 
 		 256 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000327106  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3795  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  60.7 
 
 		 258 aa  317  2e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003885  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  60.32 
 
 		 256 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0556  tRNA--hydroxylase  60.71 
 
 		 254 aa  312  3.9999999999999997e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2611  tRNA hydroxylase  57.14 
 
 		 253 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.954877  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01791  tRNA-hydroxylase  58.73 
 
 		 278 aa  303  1.0000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1614  tRNA-hydroxylase  56.3 
 
 		 250 aa  294  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4726  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  57.77 
 
 		 270 aa  292  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.368131 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4756  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  57.77 
 
 		 270 aa  292  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4819  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  57.77 
 
 		 254 aa  291  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4875  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  58.5 
 
 		 254 aa  291  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.570354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0461  tRNA--hydroxylase  56.92 
 
 		 252 aa  291  6e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4855  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  57.37 
 
 		 270 aa  290  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1500  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  57.48 
 
 		 258 aa  288  6e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000036268  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2602  tRNA hydroxylase  63.85 
 
 		 222 aa  286  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3082  tRNA-hydroxylase  51.76 
 
 		 253 aa  277  1e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01962  tRNA-(MS 2)O6-A-hydroxylase  52.55 
 
 		 260 aa  277  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0617896  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3042  tRNA-hydroxylase  53.6 
 
 		 256 aa  276  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1016  tRNA-hydroxylase  54.58 
 
 		 252 aa  266  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.736956  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2099  tRNA--hydroxylase  42.62 
 
 		 203 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2056  tRNA--hydroxylase  43.5 
 
 		 208 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.27428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1858  tRNA--hydroxylase  43.72 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.135416  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1895  tRNA--hydroxylase  43.78 
 
 		 210 aa  186  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00599331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3549  tRNA--hydroxylase  43.48 
 
 		 205 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1812  tRNA--hydroxylase  43.08 
 
 		 205 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.968174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3431  tRNA--hydroxylase  44.53 
 
 		 223 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.317498  normal  0.736465 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1644  tRNA-(ms(2)io(6)a)-hydroxylase  41.6 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.357783  hitchhiker  0.000128554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2188  tRNA--hydroxylase  43.08 
 
 		 205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41430  hypothetical protein  40.39 
 
 		 207 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3513  hypothetical protein  40.64 
 
 		 203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197013  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3392  tRNA--hydroxylase  41.83 
 
 		 202 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23490  tRNA-hydroxylase  61.03 
 
 		 139 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1879  tRNA--hydroxylase  41.15 
 
 		 193 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.794766  hitchhiker  0.000682871 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1673  tRNA--hydroxylase  35.61 
 
 		 250 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000621342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2575  tRNA--hydroxylase  40.48 
 
 		 225 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.424406  hitchhiker  0.000793114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3750  hypothetical protein  38.71 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.792988  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1728  tRNA--hydroxylase  38.87 
 
 		 203 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1507  hypothetical protein  35.46 
 
 		 207 aa  142  7e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1476  hypothetical protein  34.26 
 
 		 207 aa  135  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0914  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  31.4 
 
 		 203 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.377795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4260  tRNA-hydroxylase  31.73 
 
 		 211 aa  98.6  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0773344 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4943  tRNA--hydroxylase  31.22 
 
 		 199 aa  97.4  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0364884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2187  tRNA-hydroxylase  31.22 
 
 		 198 aa  95.1  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2249  tRNA-hydroxylase  31.22 
 
 		 198 aa  95.1  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0867357  normal  0.290074 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3991  tRNA-hydroxylase  29.96 
 
 		 199 aa  87.8  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0861094 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21611  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  30.17 
 
 		 204 aa  88.2  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0979  tRNA--hydroxylase  29.76 
 
 		 199 aa  87  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000176694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1832  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  29.13 
 
 		 217 aa  86.3  4e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.26126  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03841  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  29.96 
 
 		 204 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.815882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0503  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  28.57 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0220492  normal  0.0283636 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0627  hydroxylase for synthesis of 2-methylthio-cis-ribozeatin in tRNA  27.57 
 
 		 193 aa  81.6  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0321  tRNA--hydroxylase  31.19 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.384703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2373  tRNA-hydroxylase  33.33 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.625301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1657  tRNA-hydroxylase  34.06 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1722  hydroxylase for synthesis of 2-methylthio-cis-ribozeatin in tRNA  28.4 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04391  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  27.56 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0497236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04081  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  26.84 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04391  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  27.46 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2997  tRNA-hydroxylase  28.9 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09818  tRNA (ms[2]io[6]A)-hydroxylase  26.61 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04501  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  25.93 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3409  tRNA--hydroxylase  34.07 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.483494  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1549  tRNA--hydroxylase  32.84 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0333212  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2613  putative tRNA-(MSA)-hydroxylase  57.14 
 
 		 51 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11898  putative hydroxylase  26.85 
 
 		 193 aa  64.7  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.529665  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2626  tRNA-(ms(2)io(6)A)-hydroxylase  30.83 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0384  putative tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase  29.03 
 
 		 202 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0296  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  29.53 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711968  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0307  tRNA-hydroxylase  28.45 
 
 		 197 aa  62  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.804658  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4209  tRNA-hydroxylase  33.08 
 
 		 195 aa  62  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0318  tRNA-hydroxylase  28.45 
 
 		 197 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1658  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  30.08 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.259812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>