87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3549 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3549  tRNA--hydroxylase  100 
 
 		 205 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1812  tRNA--hydroxylase  99.51 
 
 		 205 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.968174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2188  tRNA--hydroxylase  99.51 
 
 		 205 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3431  tRNA--hydroxylase  93.17 
 
 		 223 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.317498  normal  0.736465 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3392  tRNA--hydroxylase  79.5 
 
 		 202 aa  337  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3513  hypothetical protein  67.98 
 
 		 203 aa  288  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197013  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41430  hypothetical protein  67.65 
 
 		 207 aa  288  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3750  hypothetical protein  59.51 
 
 		 207 aa  264  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.792988  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1728  tRNA--hydroxylase  60.4 
 
 		 203 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2575  tRNA--hydroxylase  63.68 
 
 		 225 aa  258  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.424406  hitchhiker  0.000793114 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2056  tRNA--hydroxylase  57.43 
 
 		 208 aa  230  9e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.27428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1858  tRNA--hydroxylase  60.51 
 
 		 218 aa  228  7e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.135416  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2099  tRNA--hydroxylase  55.22 
 
 		 203 aa  224  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1895  tRNA--hydroxylase  54.08 
 
 		 210 aa  222  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00599331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1644  tRNA-(ms(2)io(6)a)-hydroxylase  49.74 
 
 		 261 aa  194  8.000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.357783  hitchhiker  0.000128554 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1673  tRNA--hydroxylase  45.78 
 
 		 250 aa  192  4e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000621342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2514  tRNA--hydroxylase  45.49 
 
 		 256 aa  190  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000610291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2203  tRNA--hydroxylase  43.02 
 
 		 269 aa  190  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1879  tRNA--hydroxylase  49.48 
 
 		 193 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.794766  hitchhiker  0.000682871 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2687  tRNA--hydroxylase  43.82 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000622771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3119  tRNA--hydroxylase  43.78 
 
 		 254 aa  187  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.104699  decreased coverage  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1218  tRNA-hydroxylase  43.48 
 
 		 256 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0353203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1535  tRNA--hydroxylase  40.48 
 
 		 258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.706761  normal  0.0428369 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0461  tRNA--hydroxylase  42.92 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1788  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  42.91 
 
 		 261 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0556  tRNA--hydroxylase  42.74 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003885  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  39.27 
 
 		 256 aa  175  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4855  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  43.39 
 
 		 270 aa  174  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3795  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  40.87 
 
 		 258 aa  174  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01791  tRNA-hydroxylase  39.68 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4756  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  43.33 
 
 		 270 aa  173  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4726  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  43.39 
 
 		 270 aa  173  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.368131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4875  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  43.39 
 
 		 254 aa  173  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.570354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4819  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  43.39 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1621  tRNA--hydroxylase  42.29 
 
 		 256 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00164338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1484  tRNA--hydroxylase  42.06 
 
 		 269 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069661  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01962  tRNA-(MS 2)O6-A-hydroxylase  40.73 
 
 		 260 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0617896  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3082  tRNA-hydroxylase  38.71 
 
 		 253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2667  tRNA hydroxylase  42.46 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124077  normal  0.130921 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1587  tRNA--hydroxylase  41.9 
 
 		 256 aa  171  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000327106  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2756  tRNA-hydroxylase  41.9 
 
 		 256 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00188703  normal  0.0609241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2569  tRNA hydroxylase  42.46 
 
 		 256 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0478481  normal  0.0245965 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1507  hypothetical protein  44.44 
 
 		 207 aa  171  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2501  tRNA--hydroxylase  42.46 
 
 		 256 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000283647  hitchhiker  0.00985361 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1614  tRNA-hydroxylase  39.27 
 
 		 250 aa  170  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1598  tRNA--hydroxylase  41.5 
 
 		 256 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00695682  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2602  tRNA hydroxylase  55.56 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1476  hypothetical protein  43.43 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3042  tRNA-hydroxylase  39.92 
 
 		 256 aa  165  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2611  tRNA hydroxylase  38.71 
 
 		 253 aa  161  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.954877  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1500  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  38.31 
 
 		 258 aa  156  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000036268  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1016  tRNA-hydroxylase  40.32 
 
 		 252 aa  154  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.736956  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4260  tRNA-hydroxylase  43.43 
 
 		 211 aa  154  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0773344 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23490  tRNA-hydroxylase  60.58 
 
 		 139 aa  151  5e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0914  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  41 
 
 		 203 aa  146  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.377795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4943  tRNA--hydroxylase  40.21 
 
 		 199 aa  144  9e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0364884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3991  tRNA-hydroxylase  39.59 
 
 		 199 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0861094 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2187  tRNA-hydroxylase  39.9 
 
 		 198 aa  135  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2249  tRNA-hydroxylase  39.9 
 
 		 198 aa  135  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0867357  normal  0.290074 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0979  tRNA--hydroxylase  40.22 
 
 		 199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000176694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1832  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  41.97 
 
 		 217 aa  126  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.26126  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21611  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  40.74 
 
 		 204 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03841  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  41.3 
 
 		 204 aa  120  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.815882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2626  tRNA-(ms(2)io(6)A)-hydroxylase  38.29 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0503  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  39.06 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0220492  normal  0.0283636 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04501  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  37.37 
 
 		 202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0384  putative tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase  35.45 
 
 		 202 aa  112  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04081  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  36.31 
 
 		 202 aa  112  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04391  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  36.31 
 
 		 202 aa  111  6e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09818  tRNA (ms[2]io[6]A)-hydroxylase  35.26 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1657  tRNA-hydroxylase  36.02 
 
 		 198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1722  hydroxylase for synthesis of 2-methylthio-cis-ribozeatin in tRNA  36.51 
 
 		 204 aa  109  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04391  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  35.98 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0497236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3409  tRNA--hydroxylase  35.52 
 
 		 197 aa  107  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.483494  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1549  tRNA--hydroxylase  38.1 
 
 		 193 aa  105  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0333212  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0321  tRNA--hydroxylase  42.6 
 
 		 187 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.384703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2373  tRNA-hydroxylase  38.85 
 
 		 198 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.625301 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0627  hydroxylase for synthesis of 2-methylthio-cis-ribozeatin in tRNA  35.2 
 
 		 193 aa  102  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11898  putative hydroxylase  34.39 
 
 		 193 aa  102  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.529665  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0296  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  40.85 
 
 		 197 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711968  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1658  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  34.88 
 
 		 190 aa  99.4  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.259812  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0318  tRNA-hydroxylase  40.85 
 
 		 197 aa  99  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0307  tRNA-hydroxylase  40.85 
 
 		 197 aa  98.6  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.804658  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4209  tRNA-hydroxylase  35.71 
 
 		 195 aa  95.5  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2997  tRNA-hydroxylase  36.09 
 
 		 198 aa  90.1  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0891  hypothetical protein  22.35 
 
 		 254 aa  41.6  0.008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2613  putative tRNA-(MSA)-hydroxylase  51.28 
 
 		 51 aa  41.6  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>