39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2613 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2613  putative tRNA-(MSA)-hydroxylase  100 
 
 		 51 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2687  tRNA--hydroxylase  71.43 
 
 		 260 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000622771  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2203  tRNA--hydroxylase  66.67 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2514  tRNA--hydroxylase  71.43 
 
 		 256 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000610291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3119  tRNA--hydroxylase  66.67 
 
 		 254 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.104699  decreased coverage  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1484  tRNA--hydroxylase  66.67 
 
 		 269 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069661  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1535  tRNA--hydroxylase  64.29 
 
 		 258 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.706761  normal  0.0428369 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1218  tRNA-hydroxylase  57.14 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0353203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2756  tRNA-hydroxylase  61.9 
 
 		 256 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00188703  normal  0.0609241 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1621  tRNA--hydroxylase  61.9 
 
 		 256 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00164338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1587  tRNA--hydroxylase  61.9 
 
 		 256 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000327106  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2569  tRNA hydroxylase  59.52 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0478481  normal  0.0245965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2667  tRNA hydroxylase  59.52 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124077  normal  0.130921 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1598  tRNA--hydroxylase  61.9 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00695682  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1788  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  59.52 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2501  tRNA--hydroxylase  59.52 
 
 		 256 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000283647  hitchhiker  0.00985361 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003885  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  58.54 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01791  tRNA-hydroxylase  58.54 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0556  tRNA--hydroxylase  56.1 
 
 		 254 aa  57  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3082  tRNA-hydroxylase  54.55 
 
 		 253 aa  54.7  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2611  tRNA hydroxylase  51.22 
 
 		 253 aa  54.3  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.954877  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3795  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  53.66 
 
 		 258 aa  53.5  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1614  tRNA-hydroxylase  52.38 
 
 		 250 aa  50.8  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4855  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  50 
 
 		 270 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4756  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  50 
 
 		 270 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4726  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  50 
 
 		 270 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.368131 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4819  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  50 
 
 		 254 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4875  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  50 
 
 		 254 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.570354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0461  tRNA--hydroxylase  47.5 
 
 		 252 aa  48.5  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01962  tRNA-(MS 2)O6-A-hydroxylase  48.72 
 
 		 260 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0617896  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1016  tRNA-hydroxylase  51.28 
 
 		 252 aa  47.4  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.736956  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3042  tRNA-hydroxylase  46.34 
 
 		 256 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1500  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  60.71 
 
 		 258 aa  44.3  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000036268  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3392  tRNA--hydroxylase  56.41 
 
 		 202 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1812  tRNA--hydroxylase  51.28 
 
 		 205 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.968174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3549  tRNA--hydroxylase  51.28 
 
 		 205 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1858  tRNA--hydroxylase  46.34 
 
 		 218 aa  41.6  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.135416  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2188  tRNA--hydroxylase  51.28 
 
 		 205 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3431  tRNA--hydroxylase  50 
 
 		 223 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.317498  normal  0.736465 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>