More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0008 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000079978  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0003  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00291494  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0439  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000182942  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0041  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0004  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.166563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0014  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309354  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309355  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.824908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309081  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309082  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.248116  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309113  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309202  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.083443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309157  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1466  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000857792  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0004  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0037  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  0.113649 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0004  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1719  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778292  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0061  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000296073  normal  0.403996 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0039  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.103551 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0034  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.952764  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0047  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000841137  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0021  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0225545  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0043  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011951  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0008  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0031  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0975905  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0021  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0696816  normal  0.1141 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>