142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0004 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.166563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  95.45 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0008  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000079978  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0003  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00291494  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0399  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00000357697  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0052  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201025  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0052  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000609044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna6  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.349793  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2731  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.264397  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2417  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000618371  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0046  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00480232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0056  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.877587 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00059  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3588  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.25198  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3758  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0006  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.388884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0084  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.193841 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0010  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.3598  normal  0.190518 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>