62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4146 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4146  Excinuclease ABC C subunit domain protein  100 
 
 		 114 aa  233  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.824379  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3467  excinuclease ABC subunit C  85.71 
 
 		 94 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.506637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1901  excinuclease ABC subunit C  82.42 
 
 		 93 aa  154  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.873761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3661  excinuclease ABC subunit C  71.91 
 
 		 101 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.902012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  42.65 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  42.65 
 
 		 97 aa  63.5  0.0000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.06 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.06 
 
 		 80 aa  62.4  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.37 
 
 		 84 aa  62  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.06 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.77 
 
 		 77 aa  57.8  0.00000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.19 
 
 		 86 aa  57  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2011  endonuclease  42.11 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000274341  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  40.28 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  41.03 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  43.59 
 
 		 117 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.18 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  41.1 
 
 		 83 aa  53.5  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0682  excinuclease ABC subunit C  37.84 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000227073  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  34.33 
 
 		 82 aa  51.2  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.48 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  34.94 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.76 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.82 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1944  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.39 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.752306 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  32.84 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  32.84 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1970  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.24 
 
 		 121 aa  47.4  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.712679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0210  hypothetical protein  40.3 
 
 		 81 aa  47  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.101895  normal  0.644199 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0033  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.58 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  44.78 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.24 
 
 		 96 aa  45.4  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3617  putative excinuclease, subunit C  36.05 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  38.03 
 
 		 338 aa  45.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0034  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.13 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.13 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.13 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0032  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.13 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.13 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  39.08 
 
 		 87 aa  43.9  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0671  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.5 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.807628  normal  0.146567 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  42.65 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0038  excinuclease ABC subunit C  35.44 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1312  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.51 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.12439  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.18 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  40.91 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  35.29 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3608  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.18 
 
 		 88 aa  41.6  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.942188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4267  excinuclease ABC subunit C  44.12 
 
 		 180 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3763  excinuclease ABC subunit C  46.34 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3055  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.51 
 
 		 103 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000538  excinuclease ABC C subunit  32.39 
 
 		 106 aa  41.2  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.559483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0044  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.33 
 
 		 86 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02157  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.2 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  43.28 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5276  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.67 
 
 		 87 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.67 
 
 		 87 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.573766  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0597  GIY-YIG nuclease superfamily protein  30.86 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  30.67 
 
 		 84 aa  40  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2985  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.07 
 
 		 80 aa  40  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00056528  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09001  hypothetical protein  34.33 
 
 		 80 aa  40  0.01  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>