80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0604 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0604  protein of unknown function DUF1178  100 
 
 		 164 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0023  hypothetical protein  81.71 
 
 		 164 aa  279  9e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0104  hypothetical protein  79.64 
 
 		 167 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.426528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7597  hypothetical protein  71.95 
 
 		 160 aa  229  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0517  hypothetical protein  70.12 
 
 		 162 aa  227  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.217482 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0477  hypothetical protein  67.68 
 
 		 147 aa  225  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0382  hypothetical protein  64.85 
 
 		 147 aa  215  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.122904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0046  hypothetical protein  53.66 
 
 		 150 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.564208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3603  protein of unknown function DUF1178  56.97 
 
 		 158 aa  179  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3477  protein of unknown function DUF1178  55.49 
 
 		 157 aa  175  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.469566 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3279  hypothetical protein  55.76 
 
 		 158 aa  170  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5214  hypothetical protein  53.01 
 
 		 158 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5955  protein of unknown function DUF1178  50 
 
 		 154 aa  156  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249221  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3087  hypothetical protein  50 
 
 		 165 aa  154  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3003  hypothetical protein  44.85 
 
 		 141 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2507  hypothetical protein  45.73 
 
 		 142 aa  139  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00622099  normal  0.253692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3271  hypothetical protein  44.79 
 
 		 148 aa  140  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.765913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3967  hypothetical protein  43.9 
 
 		 142 aa  135  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3309  hypothetical protein  44.19 
 
 		 172 aa  134  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258972  normal  0.358508 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0556  hypothetical protein  44.79 
 
 		 156 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.09335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2316  hypothetical protein  43.6 
 
 		 171 aa  134  7.000000000000001e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1739  hypothetical protein  41.88 
 
 		 145 aa  129  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1805  hypothetical protein  39.02 
 
 		 152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0646662  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1874  hypothetical protein  39.02 
 
 		 152 aa  125  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1031  hypothetical protein  38.41 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.107167  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3689  protein of unknown function DUF1178  38.92 
 
 		 166 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0647415 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3820  protein of unknown function DUF1178  38.41 
 
 		 142 aa  124  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0942  hypothetical protein  42.21 
 
 		 144 aa  120  8e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3529  protein of unknown function DUF1178  37.8 
 
 		 142 aa  120  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.753668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0128  protein of unknown function DUF1178  37.95 
 
 		 168 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330985  normal  0.0171645 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2057  conserved hypothetical protein DUF1178  40.25 
 
 		 158 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.321468 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1051  hypothetical protein  41.25 
 
 		 144 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.588494  normal  0.494297 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2261  hypothetical protein  38.85 
 
 		 140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00456771  normal  0.596265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2570  hypothetical protein  41.77 
 
 		 139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0177669  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1885  hypothetical protein  41.1 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2011  hypothetical protein  41.72 
 
 		 159 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1440  hypothetical protein  40 
 
 		 175 aa  108  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2387  hypothetical protein  41.25 
 
 		 144 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.389064  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1516  hypothetical protein  38.89 
 
 		 160 aa  106  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0816575 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2040  hypothetical protein  38.36 
 
 		 152 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.486976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2033  protein of unknown function DUF1178  39.26 
 
 		 152 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0478  hypothetical protein  64.2 
 
 		 80 aa  103  9e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0740  hypothetical protein  40.85 
 
 		 177 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0684748  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1497  hypothetical protein  41.88 
 
 		 151 aa  101  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0383  hypothetical protein  69.44 
 
 		 81 aa  100  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.149602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1278  hypothetical protein  37.04 
 
 		 164 aa  100  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175666  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1508  hypothetical protein  38.61 
 
 		 149 aa  100  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617584  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1306  hypothetical protein  37.97 
 
 		 140 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790633  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3193  hypothetical protein  39.87 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1044  hypothetical protein  37.34 
 
 		 140 aa  99  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.315056  normal  0.288187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3240  hypothetical protein  38.69 
 
 		 175 aa  98.6  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0209036  normal  0.632043 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1146  hypothetical protein  37.34 
 
 		 140 aa  98.2  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0969021  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1361  protein of unknown function DUF1178  39.87 
 
 		 141 aa  97.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.114069  hitchhiker  0.00762425 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1452  hypothetical protein  37.34 
 
 		 140 aa  98.2  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1419  hypothetical protein  36.71 
 
 		 146 aa  97.8  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154622 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0721  hypothetical protein  37.34 
 
 		 140 aa  98.2  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1813  hypothetical protein  37.34 
 
 		 140 aa  98.2  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135309  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1315  hypothetical protein  37.34 
 
 		 140 aa  98.2  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.696592  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0429  hypothetical protein  37.34 
 
 		 140 aa  98.2  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1077  hypothetical protein  38.99 
 
 		 140 aa  97.8  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3494  protein of unknown function DUF1178  37.74 
 
 		 157 aa  97.1  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.418231  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2257  hypothetical protein  36.08 
 
 		 140 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2233  hypothetical protein  36.08 
 
 		 140 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2271  hypothetical protein  35.44 
 
 		 140 aa  96.3  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1621  hypothetical protein  36.08 
 
 		 140 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5561  hypothetical protein  36.08 
 
 		 140 aa  95.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1993  hypothetical protein  34.81 
 
 		 147 aa  94.4  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0208822  normal  0.339647 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2150  hypothetical protein  34.81 
 
 		 140 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0219334  normal  0.395291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0943  hypothetical protein  38.27 
 
 		 155 aa  92  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2198  protein of unknown function DUF1178  36.02 
 
 		 153 aa  91.3  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.381917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1875  protein of unknown function DUF1178  37.27 
 
 		 153 aa  90.9  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163568  normal  0.464761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5165  hypothetical protein  35.19 
 
 		 169 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0977  hypothetical protein  37.89 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843122  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1789  hypothetical protein  37.58 
 
 		 159 aa  88.6  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0266683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0887  protein of unknown function DUF1178  33.99 
 
 		 155 aa  88.6  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0972  hypothetical protein  32.68 
 
 		 155 aa  87  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.766766  normal  0.625326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4072  hypothetical protein  33.54 
 
 		 144 aa  84.3  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.548265 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2046  hypothetical protein  37.89 
 
 		 153 aa  82  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.707585  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1036  hypothetical protein  29.48 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3556  hypothetical protein  44.23 
 
 		 83 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>