253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3967 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3967  ribosomal protein L34  100 
 
 		 57 aa  110  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.104672  normal  0.084456 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1423  ribosomal protein L34  100 
 
 		 57 aa  110  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1194  ribosomal protein L34  87.72 
 
 		 57 aa  99.8  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000000642694  decreased coverage  0.000208827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0767  ribosomal protein L34  74 
 
 		 58 aa  71.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000000870464  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0926  50S ribosomal protein L34  68.89 
 
 		 46 aa  62  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320545  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1043  50S ribosomal protein L34  66.67 
 
 		 46 aa  61.6  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000531959  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_914  ribosomal protein L34  66.67 
 
 		 46 aa  61.6  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000254245  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0446  50S ribosomal protein L34  61.22 
 
 		 51 aa  60.8  0.000000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0100  50S ribosomal protein L34  60.42 
 
 		 53 aa  60.1  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  60.42 
 
 		 55 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  72.09 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2763  ribosomal protein L34  65.96 
 
 		 52 aa  58.5  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000022911  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 49 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 46 aa  57.4  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 46 aa  57.8  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  57.4  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf883  ribosomal protein L34  59.57 
 
 		 48 aa  57  0.00000009  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  0.00000111229 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 46 aa  56.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000727123  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000283755  hitchhiker  0.00000000552795 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  63.04 
 
 		 52 aa  55.5  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000148872  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1568  50S ribosomal protein L34  65.22 
 
 		 47 aa  55.8  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0660974  normal  0.976418 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0709  50S ribosomal protein L34  61.7 
 
 		 48 aa  55.8  0.0000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  60.87 
 
 		 52 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  63.04 
 
 		 53 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3626  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 49 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118828  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3852  ribosomal protein L34  57.14 
 
 		 52 aa  54.7  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.699914 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  66.67 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4370  ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  53.9  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.09492  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0656  50S ribosomal protein L34  60.87 
 
 		 50 aa  53.5  0.0000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  53.5  0.0000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  63.04 
 
 		 52 aa  53.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  60 
 
 		 53 aa  52.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  56.52 
 
 		 53 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189497  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2033  50S ribosomal protein L34  58.7 
 
 		 51 aa  52.8  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.778923  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  60.87 
 
 		 52 aa  53.1  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1628  50S ribosomal protein L34  65.12 
 
 		 44 aa  52  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.499577  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  52.4  0.000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2924  50S ribosomal protein L34  57.78 
 
 		 53 aa  52  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000916972  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0220  50S ribosomal protein L34P  60.87 
 
 		 51 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2334  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  55.1 
 
 		 52 aa  52.4  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  52.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  51.6  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  64.29 
 
 		 44 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  64.29 
 
 		 44 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2400  50S ribosomal protein L34  56.25 
 
 		 51 aa  51.6  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.84341  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  65.12 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000155667  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0856  ribosomal protein L34  55.81 
 
 		 44 aa  51.2  0.000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 45 aa  51.2  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  65.12 
 
 		 44 aa  51.2  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000649644  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  51.2  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4138  ribosomal protein L34  53.33 
 
 		 45 aa  50.8  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00368218  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2743  50S ribosomal protein L34  57.78 
 
 		 53 aa  50.8  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2564  50S ribosomal protein L34  54.35 
 
 		 53 aa  50.4  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4245  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  50.4  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000109099  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4908  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  50.4  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 44 aa  50.4  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  50.8  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4116  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  50.4  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0205607  normal  0.0561719 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  60.47 
 
 		 44 aa  50.4  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  50.4  0.000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4204  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  50.4  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000294632  decreased coverage  0.00182284 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  59.52 
 
 		 44 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1055  ribosomal protein L34  56.25 
 
 		 51 aa  49.7  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  59.52 
 
 		 44 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0374  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136246  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2414  50S ribosomal protein L34  59.52 
 
 		 44 aa  49.7  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000429596  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  49.7  0.00001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6059  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0823674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2038  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  49.7  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0820  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1041  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00984353  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0553  50S ribosomal protein L34  53.49 
 
 		 44 aa  48.9  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1719  hypothetical protein  66.67 
 
 		 52 aa  49.3  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.694147 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  57.78 
 
 		 46 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  53.49 
 
 		 44 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  57.14 
 
 		 44 aa  48.9  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  55.56 
 
 		 45 aa  48.9  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0984  50S ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  49.3  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0751945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>