More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_3089 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  100 
 
 
44 aa  84.3  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  75 
 
 
44 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  75 
 
 
44 aa  66.6  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  66.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  73.81 
 
 
44 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
46 aa  65.5  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  75 
 
 
44 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 
44 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  76.19 
 
 
44 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 
44 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  75 
 
 
44 aa  65.1  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 
44 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  64.7  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3463  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 
44 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00766604  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  75 
 
 
44 aa  64.3  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000849089  hitchhiker  0.00000000110171 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  63.9  0.0000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  63.9  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  76.74 
 
 
44 aa  63.9  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0001  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.549372  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3461  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3760  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0046  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62.8  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  63.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  63.2  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62.8  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0104  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0090  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3101  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000038228 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  74.42 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3553  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3400  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812666  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  0.00000111229 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6523  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  62.8  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62.8  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3238  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.303962  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3157  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000107148 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4245  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000109099  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4463  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404373  normal  0.0831526 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  74.42 
 
 
46 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2847  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.565052  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000727123  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2552  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941562  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000283755  hitchhiker  0.00000000552795 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3218  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.535057  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3989  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3102  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0409092 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3166  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.667322  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2238  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 
45 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3184  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.278531 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  62.8  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1437  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  61.6  0.000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2088  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.6  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.149936  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1787  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.6  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0214193  normal  0.25456 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
46 aa  62  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0313  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  61.6  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6059  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.6  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0823674  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4204  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.2  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000294632  decreased coverage  0.00182284 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
46 aa  61.6  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3545  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5015  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4143  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.281365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4796  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
49 aa  61.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4908  50S ribosomal protein L34  71.43 
 
 
44 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  61.2  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4116  50S ribosomal protein L34  71.43 
 
 
44 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0205607  normal  0.0561719 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1540  ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.8  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000041199  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
45 aa  60.8  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 
44 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 
44 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.5  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.5  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
46 aa  60.5  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0551  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1041  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.5  0.000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00984353  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0820  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.5  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0984  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.5  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0751945  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0649  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.485643  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5302  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  68.18 
 
 
44 aa  60.1  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2243  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.914999  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  69.77 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000649644  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3626  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
49 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118828  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4593  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
45 aa  59.3  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0000549229  decreased coverage  0.0000848449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0642  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 
45 aa  58.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0779335  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2038  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2334  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  59.3  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>