More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4315 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  100 
 
 		 44 aa  85.9  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 46 aa  73.6  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 44 aa  73.6  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 46 aa  73.2  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  73.6  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  86.05 
 
 		 44 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 44 aa  72.8  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  86.05 
 
 		 44 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 46 aa  72  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  81.4 
 
 		 44 aa  70.5  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  70.1  0.000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000283755  hitchhiker  0.00000000552795 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  70.1  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  0.00000111229 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  70.1  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  70.1  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000727123  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  69.3  0.00000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  83.33 
 
 		 44 aa  69.7  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000155667  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  68.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  77.27 
 
 		 44 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  68.9  0.00000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  69.3  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  83.72 
 
 		 44 aa  68.6  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  68.2  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  75 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  67.8  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000849089  hitchhiker  0.00000000110171 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  67  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  75 
 
 		 53 aa  67  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  66.2  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  80.95 
 
 		 45 aa  66.2  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 52 aa  65.5  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  78.57 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 46 aa  65.9  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 55 aa  64.7  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_002950  PG0656  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 50 aa  64.7  0.0000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 53 aa  63.9  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  76.19 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 52 aa  63.9  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3852  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 52 aa  63.9  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.699914 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0313  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 52 aa  62.8  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000148872  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3614  50S ribosomal protein L34P  72.73 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0374  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136246  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2577  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  62.4  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 53 aa  62  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189497  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2033  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 51 aa  62  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.778923  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  62.4  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3626  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 		 49 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118828  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1055  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 51 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  71.43 
 
 		 49 aa  62  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1793  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000343039  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  62  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 46 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2564  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 53 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  70.45 
 
 		 52 aa  61.6  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 45 aa  61.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1041  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00984353  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0984  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0751945  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0820  50S ribosomal protein L34  73.81 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 52 aa  61.2  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0551  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2243  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.914999  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4204  50S ribosomal protein L34  71.43 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000294632  decreased coverage  0.00182284 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0709  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 48 aa  60.5  0.000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0301  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0642  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 45 aa  60.5  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0779335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2743  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 53 aa  60.1  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0649  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.485643  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2924  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 53 aa  59.3  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000916972  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000649644  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  71.43 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0856  ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0132  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.1  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1787  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000418324  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0012  50S ribosomal protein L34  90.7 
 
 		 45 aa  59.7  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000202932  hitchhiker  0.000509962 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0575  50S ribosomal protein L34P  70.45 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0553  50S ribosomal protein L34  69.05 
 
 		 44 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf883  ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 48 aa  58.9  0.00000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>