More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3852 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3852  ribosomal protein L34  100 
 
 		 52 aa  103  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.699914 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  82.69 
 
 		 52 aa  84  7e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000148872  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  80.39 
 
 		 52 aa  82.8  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  81.63 
 
 		 55 aa  82  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_002950  PG0656  50S ribosomal protein L34  80.85 
 
 		 50 aa  79.7  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  80.85 
 
 		 52 aa  78.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  75 
 
 		 52 aa  77.8  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0100  50S ribosomal protein L34  76.47 
 
 		 53 aa  77  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  80.85 
 
 		 53 aa  75.5  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  76.6 
 
 		 53 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189497  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1055  ribosomal protein L34  72.55 
 
 		 51 aa  74.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2033  50S ribosomal protein L34  72.34 
 
 		 51 aa  72  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.778923  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2924  50S ribosomal protein L34  76.09 
 
 		 53 aa  72  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000916972  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2743  50S ribosomal protein L34  73.91 
 
 		 53 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2564  50S ribosomal protein L34  68.09 
 
 		 53 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  70.21 
 
 		 53 aa  69.3  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1719  hypothetical protein  74.51 
 
 		 52 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.694147 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf883  ribosomal protein L34  68.75 
 
 		 48 aa  64.7  0.0000000004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  72.34 
 
 		 52 aa  64.3  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0709  50S ribosomal protein L34  70.83 
 
 		 48 aa  63.5  0.0000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2763  ribosomal protein L34  71.11 
 
 		 52 aa  63.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000022911  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1194  ribosomal protein L34  64.58 
 
 		 57 aa  61.6  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000000642694  decreased coverage  0.000208827 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4028  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.105181  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5639  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.105533  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5341  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000589989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5185  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165607  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5320  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5738  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0731881  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5675  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0280572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5615  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.106423  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5598  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5281  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130444  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  68.89 
 
 		 46 aa  60.1  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  68.89 
 
 		 46 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1568  50S ribosomal protein L34  65.96 
 
 		 47 aa  60.1  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0660974  normal  0.976418 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0446  50S ribosomal protein L34  63.27 
 
 		 51 aa  59.3  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0767  ribosomal protein L34  62.5 
 
 		 58 aa  58.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000000870464  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2577  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000155667  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0132  50S ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  66.67 
 
 		 46 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3946  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  57.8  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  57  0.00000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  57  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27040  LSU ribosomal protein L34P  65.12 
 
 		 45 aa  56.6  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1793  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000343039  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  65.91 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  0.00000111229 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000283755  hitchhiker  0.00000000552795 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000727123  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1787  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000418324  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  65.12 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 44 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  65.12 
 
 		 44 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 44 aa  55.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5096  ribosomal protein L34  65.12 
 
 		 45 aa  55.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1944  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  55.5  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00370795  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  66.67 
 
 		 45 aa  55.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  55.5  0.0000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  62.79 
 
 		 44 aa  55.5  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3117  50S ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 47 aa  55.1  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000116193  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4868  ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 47 aa  55.1  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000339328  hitchhiker  0.00961108 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3614  50S ribosomal protein L34P  61.36 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3562  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3434  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  55.5  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1356  50S ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0134833  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  61.36 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000649644  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1330  50S ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138476  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 46 aa  55.1  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6487  50S ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 45 aa  54.3  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00156279  normal  0.0851435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  56.82 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 44 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.9  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  56.82 
 
 		 44 aa  54.3  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 44 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2065  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  54.3  0.0000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.0000217746  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2558  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 45 aa  53.9  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000028537  normal  0.271528 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  53.9  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  53.9  0.0000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.5  0.0000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  62.22 
 
 		 49 aa  53.5  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 44 aa  53.5  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2038  ribosomal protein L34  61.36 
 
 		 44 aa  53.5  0.0000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.5  0.0000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3553  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4463  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404373  normal  0.0831526 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3157  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000107148 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2847  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.565052  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0090  50S ribosomal protein L34  59.09 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>