More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2353 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
44 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
44 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
44 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  97.73 
 
 
44 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  95.45 
 
 
44 aa  79.3  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  77.8  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  78.2  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  88.64 
 
 
44 aa  77  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  77  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  88.64 
 
 
44 aa  76.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  88.64 
 
 
44 aa  76.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  88.64 
 
 
44 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  76.3  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  75.9  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0374  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  75.1  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0301  ribosomal protein L34  86.36 
 
 
44 aa  74.3  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  81.82 
 
 
44 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3614  50S ribosomal protein L34P  81.82 
 
 
44 aa  71.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0313  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 
44 aa  70.9  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0575  50S ribosomal protein L34P  81.82 
 
 
44 aa  70.5  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  69.3  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  83.72 
 
 
45 aa  68.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  79.07 
 
 
46 aa  66.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  65.5  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0642  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
45 aa  65.1  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0779335  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  64.7  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000849089  hitchhiker  0.00000000110171 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  80.95 
 
 
45 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  63.9  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  79.07 
 
 
44 aa  63.9  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3101  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000038228 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3400  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812666  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0090  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6523  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3102  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0409092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3989  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3157  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000107148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3238  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.303962  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3184  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.278531 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4463  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404373  normal  0.0831526 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2238  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2552  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941562  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3218  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.535057  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0104  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3166  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.667322  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3553  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2847  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.565052  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  63.5  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5079  50S ribosomal protein L34  95.45 
 
 
44 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  63.2  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0685  50S ribosomal protein L34  93.18 
 
 
44 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  76.74 
 
 
44 aa  62.8  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  62  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000155667  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
52 aa  61.6  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3326  ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  61.2  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  0.0296348 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  60.8  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3076  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  61.2  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797774  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0638  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.257462  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0819  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 
44 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2577  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.8  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0551  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  74.42 
 
 
44 aa  60.8  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000649644  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2243  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.914999  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  60.8  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7324  50S ribosomal subunit protein L34  88.64 
 
 
73 aa  60.8  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.5  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3705  50S ribosomal protein L34  88.64 
 
 
44 aa  60.5  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
46 aa  60.5  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.5  0.000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  76.19 
 
 
44 aa  60.5  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1793  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000343039  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  68.18 
 
 
52 aa  59.7  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  67.44 
 
 
52 aa  60.1  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
46 aa  60.1  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0856  ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.1  0.00000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4908  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
52 aa  60.1  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000148872  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4116  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0205607  normal  0.0561719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5639  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.105533  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5341  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000589989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5185  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165607  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5598  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
46 aa  58.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5320  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5675  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0280572  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5738  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0731881  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
46 aa  58.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5281  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130444  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4028  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.105181  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5615  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.106423  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1787  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  58.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000418324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>