17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4188 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4188  hypothetical protein  100 
 
 		 81 aa  166  9e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0569972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  59.21 
 
 		 251 aa  99  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 270 aa  50.4  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 250 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  36.11 
 
 		 244 aa  47.4  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 250 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 248 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 245 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 251 aa  43.5  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 274 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 239 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 239 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 243 aa  40.8  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 264 aa  40.4  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>