27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0660 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0660  putative pilin transmembrane protein  100 
 
 		 53 aa  105  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.270782  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0661  putative pilin transmembrane protein  90.57 
 
 		 53 aa  99.4  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.406535  normal  0.487373 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0551  Flp/Fap pilin component  81.13 
 
 		 58 aa  88.2  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.871798  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0658  putative pilin transmembrane protein  54.72 
 
 		 53 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279037  normal  0.470372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0659  putative pilin protein  57.78 
 
 		 45 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188771  normal  0.476539 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1399  Flp/Fap pilin component  39.62 
 
 		 54 aa  52  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41464  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1037  Flp/Fap pilin component  45.28 
 
 		 56 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1517  Flp/Fap pilin component  45.28 
 
 		 56 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000857927  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1493  Flp/Fap pilin component  45.28 
 
 		 56 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000102149  hitchhiker  0.00000902291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4699  Flp/Fap pilin component  44 
 
 		 53 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0977464  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2387  Flp/Fap pilin component  37.74 
 
 		 54 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0065262  hitchhiker  0.00967552 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4611  Flp/Fap pilin component  41.51 
 
 		 58 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.699189 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1439  Flp/Fap pilin component  37.74 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.719822  normal  0.158207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2824  Flp/Fap pilin component  37.74 
 
 		 56 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50451  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1736  Flp/Fap pilin component  33.96 
 
 		 69 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000234566  hitchhiker  0.0000333634 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5316  Flp/Fap pilin component  35.85 
 
 		 58 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351071  hitchhiker  0.000566754 
 
 
-
 
NC_003296  RS02598  putative pilin protein  41.51 
 
 		 58 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191275  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5317  Flp/Fap pilin component  37.74 
 
 		 58 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26673  hitchhiker  0.000600158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0605  Flp/Fap pilin component  37.74 
 
 		 57 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.531331  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2317  Flp/Fap pilin component  48.65 
 
 		 63 aa  40.8  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.728903  normal  0.185858 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0652  Flp/Fap pilin component  34.69 
 
 		 57 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0789  Flp/Fap pilin component  34.69 
 
 		 58 aa  40.4  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2546  pilin, putative  35.85 
 
 		 65 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0577216  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0416  Flp/Fap pilin component  36 
 
 		 52 aa  40.4  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3792  Flp/Fap pilin component  33.96 
 
 		 54 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2639  Flp/Fap pilin component  30.19 
 
 		 61 aa  40  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0222  component of type 4 pilus pilin subunit protein  28.57 
 
 		 61 aa  40  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>