26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0661 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0661  putative pilin transmembrane protein  100 
 
 		 53 aa  106  8.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.406535  normal  0.487373 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0660  putative pilin transmembrane protein  90.57 
 
 		 53 aa  99.4  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.270782  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0551  Flp/Fap pilin component  79.25 
 
 		 58 aa  87.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.871798  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0658  putative pilin transmembrane protein  52.83 
 
 		 53 aa  62  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279037  normal  0.470372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0659  putative pilin protein  57.78 
 
 		 45 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188771  normal  0.476539 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1399  Flp/Fap pilin component  39.62 
 
 		 54 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41464  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1037  Flp/Fap pilin component  41.51 
 
 		 56 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1517  Flp/Fap pilin component  41.51 
 
 		 56 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000857927  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1493  Flp/Fap pilin component  41.51 
 
 		 56 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000102149  hitchhiker  0.00000902291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4699  Flp/Fap pilin component  44.68 
 
 		 53 aa  47  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0977464  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4611  Flp/Fap pilin component  43.4 
 
 		 58 aa  47.4  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.699189 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2387  Flp/Fap pilin component  38 
 
 		 54 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0065262  hitchhiker  0.00967552 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1439  Flp/Fap pilin component  37.74 
 
 		 72 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.719822  normal  0.158207 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4473  Flp/Fap pilin component  30.19 
 
 		 62 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.837061  normal  0.806364 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0222  component of type 4 pilus pilin subunit protein  30.19 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3792  Flp/Fap pilin component  39.62 
 
 		 54 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1736  Flp/Fap pilin component  33.96 
 
 		 69 aa  44.3  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000234566  hitchhiker  0.0000333634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2824  Flp/Fap pilin component  38 
 
 		 56 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50451  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4185  Flp/Fap pilin component  30.19 
 
 		 61 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5316  Flp/Fap pilin component  35.85 
 
 		 58 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351071  hitchhiker  0.000566754 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0875  Flp/Fap pilin component  44.68 
 
 		 57 aa  42.4  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2700  Flp/Fap pilin component  35.85 
 
 		 61 aa  41.6  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02598  putative pilin protein  39.62 
 
 		 58 aa  41.6  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191275  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5317  Flp/Fap pilin component  35.85 
 
 		 58 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26673  hitchhiker  0.000600158 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0652  Flp/Fap pilin component  36.73 
 
 		 57 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2639  Flp/Fap pilin component  32.08 
 
 		 61 aa  40.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>