More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2204 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A2774  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase  62.96 
 
 		 538 aa  679    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0113  carboxyl transferase  62.89 
 
 		 539 aa  696    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.495482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0327  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  71.99 
 
 		 536 aa  792    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2435  Propionyl-CoA carboxylase  94.99 
 
 		 540 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176472  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4463  propionyl-CoA carboxylase  64.07 
 
 		 551 aa  697    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1149  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase  62.96 
 
 		 538 aa  681    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0675  putative carboxylase  85.34 
 
 		 538 aa  957    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165859 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0289  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase  63.45 
 
 		 538 aa  670    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3260  propionyl-CoA carboxylase  94.63 
 
 		 540 aa  1034    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.395839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3201  propionyl-CoA carboxylase  86.27 
 
 		 538 aa  966    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0349643  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2204  propionyl-CoA carboxylase  100 
 
 		 540 aa  1107    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.354632  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1721  carboxyl transferase  64.38 
 
 		 539 aa  688    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.312838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2929  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase  63.15 
 
 		 538 aa  683    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0106  carboxyl transferase  62.71 
 
 		 539 aa  699    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2413  propionyl-CoA carboxylase  61.78 
 
 		 537 aa  662    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.193617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1897  propionyl-CoA carboxylase  63.49 
 
 		 538 aa  623  1e-177  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4183  propionyl-CoA carboxylase  58.7 
 
 		 553 aa  599  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3947  carboxyl transferase  52.59 
 
 		 538 aa  551  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2691  propionyl-CoA carboxylase  51.95 
 
 		 538 aa  549  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165728  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2266  putative biotin-dependent carboxylase  52.13 
 
 		 538 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26720  putative biotin-dependent carboxylase  51.76 
 
 		 538 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2804  propionyl-CoA carboxylase  50.74 
 
 		 538 aa  536  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.896335  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2818  propionyl-CoA carboxylase  50.83 
 
 		 536 aa  531  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0599136  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0317  carboxyl transferase  48.05 
 
 		 537 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4686  propionyl-CoA carboxylase  48.75 
 
 		 530 aa  472  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6357  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  49.22 
 
 		 527 aa  473  1e-132  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10992  acetyl-/propionyl-CoA carboxylase beta subunit accD2  47.51 
 
 		 529 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.20436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4327  propionyl-CoA carboxylase  47.55 
 
 		 533 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0134236 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4306  propionyl-CoA carboxylase  48.75 
 
 		 530 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.609915  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1883  propionyl-CoA carboxylase  50.81 
 
 		 542 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314426  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4392  propionyl-CoA carboxylase  48.75 
 
 		 530 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.64997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4767  carboxyl transferase  48.76 
 
 		 533 aa  467  9.999999999999999e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.339159  decreased coverage  0.0000347279 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0163  carboxyl transferase  45.79 
 
 		 530 aa  466  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000870722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4848  propionyl-CoA carboxylase  48.1 
 
 		 549 aa  462  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.789174  normal  0.422064 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4433  Propionyl-CoA carboxylase  46.25 
 
 		 532 aa  463  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0300749 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16510  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  48.43 
 
 		 528 aa  461  9.999999999999999e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1031  Propionyl-CoA carboxylase  46.46 
 
 		 547 aa  456  1e-127  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3763  propionyl-CoA carboxylase  44.81 
 
 		 534 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4722  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  44.88 
 
 		 542 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.701112  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3230  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  45.39 
 
 		 532 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00712418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3829  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  46.86 
 
 		 532 aa  454  1.0000000000000001e-126  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.507183  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3044  Propionyl-CoA carboxylase  45.02 
 
 		 534 aa  451  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.932612  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1790  hypothetical protein  44.49 
 
 		 535 aa  450  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2067  propionyl-CoA carboxylase  44.75 
 
 		 536 aa  451  1e-125  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0128  Propionyl-CoA carboxylase  46.76 
 
 		 535 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.818447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1072  methylcrotonyl-CoA carboxylase carboxyl transferase subunit  46.05 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.19286  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0340  propionyl-CoA carboxylase  44.57 
 
 		 536 aa  450  1e-125  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0609  carboxyl transferase  45.98 
 
 		 535 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0584706  normal  0.529088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2032  propionyl-CoA carboxylase  45.89 
 
 		 535 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0210528  normal  0.469239 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0120  Propionyl-CoA carboxylase  46.76 
 
 		 535 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5055  carboxyl transferase  44.51 
 
 		 554 aa  451  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.433774 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0269  putative propionyl-CoA carboxylase (beta subunit) protein  45.62 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.786774  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0019  carboxyl transferase family protein  46.27 
 
 		 535 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0470  carboxyl transferase domain-containing protein  45.83 
 
 		 535 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0964  acyl-CoA biotin-dependant carboxyltransferase  45.66 
 
 		 535 aa  446  1.0000000000000001e-124  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0948  carboxyl transferase domain-containing protein  46.27 
 
 		 535 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1958  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase  45.83 
 
 		 535 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0016  carboxyl transferase family protein  45.57 
 
 		 535 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4687  Propionyl-CoA carboxylase  45.98 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.900437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38460  acyl-CoA carboxyltransferase beta chain  46.03 
 
 		 535 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.509026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1457  propionyl-CoA carboxylase  44.93 
 
 		 535 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.883387 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0653  carboxyl transferase domain-containing protein  45.64 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.390861  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2055  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase  45.83 
 
 		 535 aa  445  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.370981  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0803  carboxyl transferase domain-containing protein  45.64 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1791  hypothetical protein  45.4 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0309  putative acyl-CoA carboxylase (beta subunit) protein  44.4 
 
 		 536 aa  443  1e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.155746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0145  propionyl-CoA carboxylase  45.7 
 
 		 546 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1607  carboxyl transferase domain-containing protein  45.64 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2571  propionyl-CoA carboxylase  44.66 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0961  propionyl-CoA carboxylase  45.77 
 
 		 535 aa  443  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.424023 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0541  carboxyl transferase domain-containing protein  45.64 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3275  acyl-CoA carboxyltransferase subunit beta  46.03 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2847  propionyl-CoA carboxylase  45.33 
 
 		 535 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4552  propionyl-CoA carboxylase  46.07 
 
 		 534 aa  442  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.646598  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1361  propionyl-CoA carboxylase  45.47 
 
 		 535 aa  443  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2162  propionyl-CoA carboxylase  46.55 
 
 		 533 aa  442  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0218369  normal  0.667936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3663  propionyl-CoA carboxylase  44.74 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.494184  hitchhiker  0.000000000713312 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4065  propionyl-CoA carboxylase  44.74 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.115987  hitchhiker  0.0000107516 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2829  propionyl-CoA carboxylase  45.42 
 
 		 535 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3224  propionyl-CoA carboxylase  44.55 
 
 		 535 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.809195  normal  0.0163606 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1465  propionyl-CoA carboxylase  45.51 
 
 		 535 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3657  propionyl-CoA carboxylase  44.93 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361047  normal  0.0266441 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0424  propionyl-CoA carboxylase  45.33 
 
 		 535 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1529  Propionyl-CoA carboxylase  45.42 
 
 		 535 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5120  propionyl-CoA carboxylase  45.14 
 
 		 535 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0213028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5973  propionyl-CoA carboxylase  44.15 
 
 		 535 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5033  propionyl-CoA carboxylase  45.12 
 
 		 535 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2246  propionyl-CoA carboxylase  45.3 
 
 		 552 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2118  propionyl-CoA carboxylase  44.62 
 
 		 540 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242029 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3128  propionyl-CoA carboxylase  45.12 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0763689  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49550  Acyl-CoA carboxylase  44.81 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.461683  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2974  propionyl-CoA carboxylase  45.42 
 
 		 535 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.562625 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5239  propionyl-CoA carboxylase  45.12 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.954301  normal  0.755359 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0038  propionyl-CoA carboxylase  46.01 
 
 		 535 aa  441  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212877  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6511  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  44.97 
 
 		 536 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.819458  normal  0.215888 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02413  methylcrotonyl CoA carboxylase, beta subunit  43.59 
 
 		 535 aa  437  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3561  propionyl-CoA carboxylase  45 
 
 		 535 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.507215 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2798  propionyl-CoA carboxylase  44.42 
 
 		 553 aa  438  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1671  carboxyl transferase  45.51 
 
 		 535 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4377  Propionyl-CoA carboxylase  45.08 
 
 		 536 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>