17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2025 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2025  hypothetical protein  100 
 
 		 165 aa  320  4e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0928756  normal  0.256497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3429  hypothetical protein  90.91 
 
 		 165 aa  279  9e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0516258 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1852  hypothetical protein  66.67 
 
 		 165 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.946732 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2228  hypothetical protein  52.38 
 
 		 166 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0483  hypothetical protein  43.79 
 
 		 171 aa  136  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3099  hypothetical protein  41.46 
 
 		 166 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0825077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3082  hypothetical protein  43.79 
 
 		 176 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.583252  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5628  small permease component of tripartite tricarboxylate transporter (TctB)  38.16 
 
 		 179 aa  114  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0795679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4225  hypothetical protein  40.85 
 
 		 166 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.360299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36150  hypothetical protein  42.01 
 
 		 176 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000272635 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4492  hypothetical protein  42.22 
 
 		 199 aa  109  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.760748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2796  hypothetical protein  37.27 
 
 		 173 aa  108  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.825323  normal  0.0868424 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3050  small permease component of tripartite tricarboxylate transporter  39.35 
 
 		 196 aa  106  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0820746  normal  0.460517 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5725  hypothetical protein  35.48 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0156863  normal  0.729962 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2074  hypothetical protein  26.42 
 
 		 169 aa  51.6  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1219  hypothetical protein  31.71 
 
 		 161 aa  50.1  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261954  normal  0.740843 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0092  hypothetical protein  25.33 
 
 		 169 aa  40.8  0.008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>