22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5628 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5628  small permease component of tripartite tricarboxylate transporter (TctB)  100 
 
 		 179 aa  354  5e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0795679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3050  small permease component of tripartite tricarboxylate transporter  52.27 
 
 		 196 aa  148  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0820746  normal  0.460517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0483  hypothetical protein  43.6 
 
 		 171 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4492  hypothetical protein  46.67 
 
 		 199 aa  121  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.760748  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1852  hypothetical protein  40 
 
 		 165 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.946732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5725  hypothetical protein  38.41 
 
 		 180 aa  111  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0156863  normal  0.729962 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2228  hypothetical protein  40.24 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4225  hypothetical protein  34.15 
 
 		 166 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.360299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2796  hypothetical protein  34.97 
 
 		 173 aa  104  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.825323  normal  0.0868424 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3099  hypothetical protein  37.8 
 
 		 166 aa  104  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0825077  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2025  hypothetical protein  38.41 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0928756  normal  0.256497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3429  hypothetical protein  39.07 
 
 		 165 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0516258 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3082  hypothetical protein  33.94 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.583252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36150  hypothetical protein  33.54 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000272635 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3247  integral membrane protein  26.88 
 
 		 168 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.461302  normal  0.795605 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1219  hypothetical protein  28.69 
 
 		 161 aa  49.3  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261954  normal  0.740843 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3236  integral membrane protein  26.88 
 
 		 168 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3298  integral membrane protein  26.88 
 
 		 168 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.172548  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2074  hypothetical protein  21.33 
 
 		 169 aa  48.5  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3501  integral membrane protein  28.91 
 
 		 166 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3441  hypothetical protein  31.72 
 
 		 163 aa  41.6  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00151639  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0663  hypothetical protein  25.86 
 
 		 142 aa  40.8  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.380884  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>