24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1984 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1984  gene transfer agent (GTA) orfg10  100 
 
 		 105 aa  196  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.508447 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3464  gene transfer agent (GTA) orfg10  91.35 
 
 		 104 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1420  gene transfer agent (GTA) like protein  80.77 
 
 		 106 aa  157  4e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1818  gene transfer agent (GTA) like protein  77.67 
 
 		 111 aa  151  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.206813  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2110  gene transfer agent (GTA) like protein  86.54 
 
 		 105 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000925586  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1175  gene transfer agent (GTA) like protein  75.73 
 
 		 106 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.734376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0913  hypothetical protein  62.5 
 
 		 105 aa  117  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.909835 
 
 
-
 
NC_004310  BR0595  hypothetical protein  55.24 
 
 		 111 aa  113  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1346  hypothetical protein  57.84 
 
 		 139 aa  111  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000547988  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0596  hypothetical protein  54.29 
 
 		 111 aa  111  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1424  gene transfer agent (GTA) orfg10  50.96 
 
 		 108 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783308  normal  0.151518 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3162  gene transfer agent (GTA) like protein  65 
 
 		 118 aa  96.3  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0433156  normal  0.0131384 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1698  gene transfer agent (GTA) orfg10  50 
 
 		 110 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0203645  normal  0.306867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1420  gene transfer agent (GTA) orfg10  49.04 
 
 		 108 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.149471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4973  gene transfer agent (GTA) orfg10  49.04 
 
 		 115 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596943  hitchhiker  0.0000866578 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1066  hypothetical protein  43 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.131086 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1083  hypothetical protein  45.98 
 
 		 105 aa  67  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0845642 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1138  hypothetical protein  51.47 
 
 		 105 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.561282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2474  hypothetical protein  50 
 
 		 172 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0542451  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2893  hypothetical protein  43.02 
 
 		 105 aa  60.8  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.597202  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2169  hypothetical protein  45.59 
 
 		 109 aa  58.2  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3909  hypothetical protein  45.07 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.576255  normal  0.0625808 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1640  hypothetical protein  38 
 
 		 105 aa  49.3  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0927  hypothetical protein  40.74 
 
 		 89 aa  48.9  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.398072 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>