24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3464 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3464  gene transfer agent (GTA) orfg10  100 
 
 		 104 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1984  gene transfer agent (GTA) orfg10  91.35 
 
 		 105 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.508447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2110  gene transfer agent (GTA) like protein  87.5 
 
 		 105 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000925586  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1818  gene transfer agent (GTA) like protein  77.67 
 
 		 111 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.206813  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1420  gene transfer agent (GTA) like protein  76.92 
 
 		 106 aa  150  5.9999999999999996e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1175  gene transfer agent (GTA) like protein  71.84 
 
 		 106 aa  142  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.734376  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0595  hypothetical protein  59.41 
 
 		 111 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0913  hypothetical protein  60.58 
 
 		 105 aa  114  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.909835 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0596  hypothetical protein  58.42 
 
 		 111 aa  113  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1346  hypothetical protein  59.8 
 
 		 139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000547988  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4973  gene transfer agent (GTA) orfg10  50.96 
 
 		 115 aa  94  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596943  hitchhiker  0.0000866578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3162  gene transfer agent (GTA) like protein  64 
 
 		 118 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0433156  normal  0.0131384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1424  gene transfer agent (GTA) orfg10  48.08 
 
 		 108 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783308  normal  0.151518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1698  gene transfer agent (GTA) orfg10  47.12 
 
 		 110 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0203645  normal  0.306867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1420  gene transfer agent (GTA) orfg10  47.12 
 
 		 108 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.149471 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1066  hypothetical protein  44 
 
 		 107 aa  84  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.131086 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1083  hypothetical protein  45.98 
 
 		 105 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0845642 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2169  hypothetical protein  41.18 
 
 		 109 aa  62  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2893  hypothetical protein  43.02 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.597202  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1138  hypothetical protein  50 
 
 		 105 aa  61.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.561282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2474  hypothetical protein  48.53 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0542451  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0927  hypothetical protein  44.44 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.398072 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3909  hypothetical protein  45.07 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.576255  normal  0.0625808 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1640  hypothetical protein  37 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.78823 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>