24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1818 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1818  gene transfer agent (GTA) like protein  100 
 
 		 111 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.206813  normal  0.338649 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1420  gene transfer agent (GTA) like protein  81.08 
 
 		 106 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1175  gene transfer agent (GTA) like protein  78.64 
 
 		 106 aa  157  5e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.734376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3464  gene transfer agent (GTA) orfg10  77.67 
 
 		 104 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0597646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1984  gene transfer agent (GTA) orfg10  77.67 
 
 		 105 aa  151  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.508447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2110  gene transfer agent (GTA) like protein  79.61 
 
 		 105 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000925586  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0913  hypothetical protein  67 
 
 		 105 aa  124  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.909835 
 
 
-
 
NC_004310  BR0595  hypothetical protein  59 
 
 		 111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0596  hypothetical protein  58 
 
 		 111 aa  110  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1346  hypothetical protein  55.34 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000547988  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3162  gene transfer agent (GTA) like protein  67 
 
 		 118 aa  97.8  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0433156  normal  0.0131384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1424  gene transfer agent (GTA) orfg10  50.49 
 
 		 108 aa  89  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0783308  normal  0.151518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1698  gene transfer agent (GTA) orfg10  51 
 
 		 110 aa  89  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0203645  normal  0.306867 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4973  gene transfer agent (GTA) orfg10  50.49 
 
 		 115 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596943  hitchhiker  0.0000866578 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1066  hypothetical protein  47 
 
 		 107 aa  87  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.131086 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1420  gene transfer agent (GTA) orfg10  50 
 
 		 108 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.149471 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1138  hypothetical protein  51.32 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.561282 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1083  hypothetical protein  55.88 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0845642 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2474  hypothetical protein  54.41 
 
 		 172 aa  67  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0542451  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2893  hypothetical protein  50 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.597202  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2169  hypothetical protein  45.59 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3909  hypothetical protein  50 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.576255  normal  0.0625808 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0927  hypothetical protein  44.19 
 
 		 89 aa  50.8  0.000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.398072 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1640  hypothetical protein  40.32 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.78823 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>