273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1378 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1378  thiosulphate-binding protein  100 
 
 
335 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4018  thiosulphate-binding protein  88.96 
 
 
335 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.206129  normal  0.132982 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1398  thiosulphate-binding protein  91.67 
 
 
336 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1854  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  67.07 
 
 
334 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.334824  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1330  sulfate ABC transporter, sulfate-binding protein, putative  67.51 
 
 
334 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4153  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1290  putative sulfate ABC transporter, sulfate-binding protein  67.19 
 
 
334 aa  436  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2331  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  68.52 
 
 
345 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3599  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  62.82 
 
 
335 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0065  thiosulfate ABC transporter, periplasmic thiosulfate-binding protein  58.81 
 
 
333 aa  385  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3012  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  61.22 
 
 
335 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.615219  normal  0.0264263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3092  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.9 
 
 
335 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0179342  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3189  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.9 
 
 
335 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.480893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0997  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  61.56 
 
 
335 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.961901  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1002  thiosulfate transporter subunit  58.33 
 
 
342 aa  381  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.428472  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1005  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.49 
 
 
335 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.432024  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3292  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  61.24 
 
 
335 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.166375 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0765  thiosulfate transporter subunit  58.71 
 
 
342 aa  382  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1099  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  61.24 
 
 
335 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0587643 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1066  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.59 
 
 
335 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0167374  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1299  thiosulfate transporter subunit  55.42 
 
 
345 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2769  thiosulfate transporter subunit  55.42 
 
 
345 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135265 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3457  thiosulfate transporter subunit  58.2 
 
 
340 aa  381  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1408  thiosulfate transporter subunit  55.42 
 
 
345 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0652  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  58.51 
 
 
337 aa  376  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02325  thiosulfate transporter subunit  58.25 
 
 
338 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1236  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  58.25 
 
 
338 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3655  thiosulfate transporter subunit  58.58 
 
 
338 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1254  thiosulfate transporter subunit  58.58 
 
 
338 aa  374  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2561  thiosulfate transporter subunit  58.58 
 
 
338 aa  374  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2580  thiosulfate transporter subunit  58.58 
 
 
338 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2711  thiosulfate transporter subunit  58.25 
 
 
338 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02286  hypothetical protein  58.25 
 
 
338 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2810  thiosulfate transporter subunit  57.96 
 
 
338 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2951  thiosulfate transporter subunit  56.96 
 
 
337 aa  370  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.339938 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2797  thiosulfate transporter subunit  57.93 
 
 
338 aa  371  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2680  thiosulfate transporter subunit  57.96 
 
 
338 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.886764  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2704  thiosulfate transporter subunit  57.96 
 
 
338 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2589  thiosulfate transporter subunit  57.96 
 
 
338 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2638  thiosulfate transporter subunit  57.61 
 
 
338 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.461248  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1373  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  53.96 
 
 
334 aa  362  4e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4267  sulfate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.66 
 
 
341 aa  355  5e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1336  sulfate-binding precursor signal peptide protein  57.23 
 
 
336 aa  355  8.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.533362  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3333  thiosulphate-binding protein  58.69 
 
 
345 aa  353  2e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.885845  normal  0.45738 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1798  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.19 
 
 
332 aa  354  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655228  normal  0.152141 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1211  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  54.24 
 
 
339 aa  352  5e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0110956  normal  0.0538246 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1274  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  53.94 
 
 
339 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0614  thiosulphate-binding protein  53.27 
 
 
329 aa  351  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.772188 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1906  thiosulphate-binding protein  55.56 
 
 
337 aa  350  2e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000896115  hitchhiker  0.00000000124986 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0169  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  52.55 
 
 
341 aa  350  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1346  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  55.52 
 
 
337 aa  349  3e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0443  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  51.99 
 
 
341 aa  349  5e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0507  thiosulphate-binding protein  54.58 
 
 
330 aa  348  6e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.347365  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3804  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  55.88 
 
 
337 aa  347  1e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3894  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  55 
 
 
337 aa  347  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0402445  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1781  thiosulphate-binding protein  54.43 
 
 
344 aa  346  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2061  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  52.31 
 
 
331 aa  345  6e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.647625  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0563  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  55.1 
 
 
341 aa  345  8.999999999999999e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201199  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2422  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  52.87 
 
 
343 aa  344  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4410  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  55.08 
 
 
342 aa  344  1e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.476755  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4641  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  54.55 
 
 
340 aa  342  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.869357  hitchhiker  0.00000640821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2134  thiosulphate-binding protein  54.41 
 
 
331 aa  342  7e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.73195e-21  decreased coverage  0.000103932 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3383  extracellular solute-binding protein  52.77 
 
 
341 aa  342  8e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0123  thiosulfate binding protein  52.92 
 
 
337 aa  341  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000442607 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3432  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  58.69 
 
 
330 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.400629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45110  sulfate-binding protein of ABC transporter  53.62 
 
 
332 aa  340  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3697  ABC sulfate/thiosulfate transporter, periplasmic binding protein CysP  58.36 
 
 
330 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1591  thiosulphate-binding protein  50.94 
 
 
332 aa  339  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00740648  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3839  sulfate-binding protein of ABC transporter  53.29 
 
 
332 aa  338  7e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2531  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  53.42 
 
 
356 aa  338  7e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000783626  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0325  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  53.07 
 
 
337 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3560  thiosulphate-binding protein  50.77 
 
 
329 aa  337  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1723  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  54.4 
 
 
329 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000440935  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4345  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  53.77 
 
 
332 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2196  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  54.43 
 
 
345 aa  335  7e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.559252  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2105  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  54.1 
 
 
341 aa  333  2e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.126635  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3315  hypothetical protein  53.95 
 
 
328 aa  334  2e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227914  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2470  ABC sulfate/thiosulfate transporter, periplasmic ligand binding protein, CysP  54.14 
 
 
346 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0297151  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4118  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  51.91 
 
 
359 aa  330  2e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000140992  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3870  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  50.64 
 
 
332 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1223  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  50.9 
 
 
358 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2981  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  53.47 
 
 
345 aa  330  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03700  sulfate-binding protein precursor  50.81 
 
 
332 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000120397 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31720  Sulfate-binding precursor protein  52.1 
 
 
332 aa  328  7e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2992  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  50.81 
 
 
339 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4305  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  50 
 
 
332 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1552  thiosulphate-binding protein  47.59 
 
 
335 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0899  sulfate starvation-induced protein 2  51.3 
 
 
338 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.368441  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0107  sulfate ABC transporter, sulfate-binding protein  51.2 
 
 
342 aa  326  3e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0392  sulfate/thiosulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  51.46 
 
 
337 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0560  sulfate-binding protein precursor  51.46 
 
 
337 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0371  sulfate/thiosulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  51.46 
 
 
337 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597645  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3632  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  50.65 
 
 
332 aa  325  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1799  sulfate adenylyltransferase, large subunit  52.1 
 
 
807 aa  325  9e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3625  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  51.92 
 
 
332 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.929699  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1394  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  54.37 
 
 
338 aa  323  3e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2345  thiosulphate-binding protein  51.83 
 
 
342 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.6842  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1121  thiosulphate-binding protein  51.45 
 
 
345 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1601  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  51.45 
 
 
345 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0122  thiosulfate binding protein  53.27 
 
 
337 aa  323  3e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.964738  decreased coverage  0.00000712106 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0620  thiosulphate-binding protein  51.94 
 
 
336 aa  322  8e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000295034  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>