261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0765 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1002  thiosulfate transporter subunit  97.66 
 
 
342 aa  669    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.428472  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0765  thiosulfate transporter subunit  100 
 
 
342 aa  704    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3457  thiosulfate transporter subunit  78.95 
 
 
340 aa  559  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02325  thiosulfate transporter subunit  80.95 
 
 
338 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1236  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  80.63 
 
 
338 aa  541  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02286  hypothetical protein  80.95 
 
 
338 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2561  thiosulfate transporter subunit  80.95 
 
 
338 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2711  thiosulfate transporter subunit  80.63 
 
 
338 aa  541  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2580  thiosulfate transporter subunit  80.95 
 
 
338 aa  542  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1254  thiosulfate transporter subunit  80.95 
 
 
338 aa  542  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3655  thiosulfate transporter subunit  80.95 
 
 
338 aa  542  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2797  thiosulfate transporter subunit  80.32 
 
 
338 aa  538  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1299  thiosulfate transporter subunit  78.38 
 
 
345 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2951  thiosulfate transporter subunit  77.25 
 
 
337 aa  539  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.339938 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1408  thiosulfate transporter subunit  78.38 
 
 
345 aa  538  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2769  thiosulfate transporter subunit  78.38 
 
 
345 aa  538  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135265 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2589  thiosulfate transporter subunit  79.62 
 
 
338 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2680  thiosulfate transporter subunit  79.3 
 
 
338 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.886764  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2638  thiosulfate transporter subunit  78.8 
 
 
338 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.461248  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2704  thiosulfate transporter subunit  79.3 
 
 
338 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2810  thiosulfate transporter subunit  78.98 
 
 
338 aa  527  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3599  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  62.86 
 
 
335 aa  401  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1099  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.12 
 
 
335 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0587643 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3292  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.12 
 
 
335 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.166375 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3012  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  62.86 
 
 
335 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.615219  normal  0.0264263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3092  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  63.17 
 
 
335 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0179342  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3189  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  63.17 
 
 
335 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.480893 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1066  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  59.82 
 
 
335 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0167374  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0997  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  59.82 
 
 
335 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.961901  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0652  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60.12 
 
 
337 aa  404  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1005  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  60 
 
 
335 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.432024  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0065  thiosulfate ABC transporter, periplasmic thiosulfate-binding protein  60.3 
 
 
333 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1378  thiosulphate-binding protein  55.79 
 
 
335 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4018  thiosulphate-binding protein  56.8 
 
 
335 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.206129  normal  0.132982 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1373  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  56.4 
 
 
334 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1398  thiosulphate-binding protein  58.5 
 
 
336 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1854  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  55.18 
 
 
334 aa  359  4e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.334824  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3333  thiosulphate-binding protein  56.68 
 
 
345 aa  354  1e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.885845  normal  0.45738 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1290  putative sulfate ABC transporter, sulfate-binding protein  56.03 
 
 
334 aa  352  4e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1330  sulfate ABC transporter, sulfate-binding protein, putative  55.7 
 
 
334 aa  350  1e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4153  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2331  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  55.88 
 
 
345 aa  335  9e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0614  thiosulphate-binding protein  50.93 
 
 
329 aa  333  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.772188 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4318  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  49.7 
 
 
338 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.980547  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0443  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  48.18 
 
 
341 aa  322  4e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45110  sulfate-binding protein of ABC transporter  50.49 
 
 
332 aa  322  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3839  sulfate-binding protein of ABC transporter  50.49 
 
 
332 aa  322  7e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4267  sulfate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.79 
 
 
341 aa  322  8e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0169  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  48.33 
 
 
341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0123  thiosulfate binding protein  49.22 
 
 
337 aa  320  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000442607 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1591  thiosulphate-binding protein  48.01 
 
 
332 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00740648  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1906  thiosulphate-binding protein  49.35 
 
 
337 aa  318  1e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000896115  hitchhiker  0.00000000124986 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1798  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  50.95 
 
 
332 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655228  normal  0.152141 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1346  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  49.04 
 
 
337 aa  315  7e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02518  ABC transporter sulfate binding protein  46.15 
 
 
365 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.607163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0733  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.72 
 
 
337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3432  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  50.81 
 
 
330 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.400629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03700  sulfate-binding protein precursor  49.36 
 
 
332 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000120397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3383  extracellular solute-binding protein  48.85 
 
 
341 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3697  ABC sulfate/thiosulfate transporter, periplasmic binding protein CysP  50.49 
 
 
330 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3804  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  49.84 
 
 
337 aa  313  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4305  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  48.22 
 
 
332 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3870  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.76 
 
 
332 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4652  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.56 
 
 
337 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0325  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  49.04 
 
 
337 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1336  sulfate-binding precursor signal peptide protein  47.94 
 
 
336 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.533362  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2134  thiosulphate-binding protein  48.29 
 
 
331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.73195e-21  decreased coverage  0.000103932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3632  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.9 
 
 
332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1394  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  49.51 
 
 
338 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1799  sulfate adenylyltransferase, large subunit  47.9 
 
 
807 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1211  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  45.78 
 
 
339 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0110956  normal  0.0538246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2422  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  46.83 
 
 
343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0374  sulfate-binding protein precursor  49.04 
 
 
332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1274  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  45.18 
 
 
339 aa  305  7e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30540  Sulfate ABC transporter-binding component-CysP-like protein  47.27 
 
 
332 aa  305  8.000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1723  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.77 
 
 
329 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000440935  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0560  sulfate-binding protein precursor  48.38 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0392  sulfate/thiosulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  48.38 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0371  sulfate/thiosulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  48.38 
 
 
337 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597645  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3894  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.71 
 
 
337 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0402445  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0107  sulfate ABC transporter, sulfate-binding protein  45.75 
 
 
342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2992  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.4 
 
 
339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2531  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  45.64 
 
 
356 aa  301  8.000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000783626  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1450  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.71 
 
 
343 aa  301  1e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.601582  normal  0.754893 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4410  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  46.15 
 
 
342 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.476755  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5479  sulfate adenylyltransferase, large subunit  46.93 
 
 
798 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0197363  decreased coverage  0.00943774 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5372  sulfate transporter subunit  45.71 
 
 
329 aa  301  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1565  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  47.91 
 
 
332 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105023  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03802  sulfate transporter subunit  45.4 
 
 
329 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4068  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  45.4 
 
 
329 aa  300  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4357  sulfate transporter subunit  45.4 
 
 
329 aa  300  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.427406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0194  thiosulphate-binding protein  45.2 
 
 
337 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.648325  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03751  hypothetical protein  45.4 
 
 
329 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1369  thiosulphate-binding protein  47.45 
 
 
335 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0327074  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4101  sulfate transporter subunit  45.4 
 
 
329 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4148  sulfate transporter subunit  45.4 
 
 
329 aa  300  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4451  sulfate transporter subunit  45.4 
 
 
329 aa  300  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1978  thiosulphate-binding protein  48.57 
 
 
335 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3400  thiosulphate-binding protein  45.97 
 
 
354 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2105  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  46.95 
 
 
341 aa  299  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.126635  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31720  Sulfate-binding precursor protein  48.06 
 
 
332 aa  299  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>