More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3190 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2354  UDP-glucose 6-dehydrogenase  70.42 
 
 
453 aa  670    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.241791  hitchhiker  0.0025213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3190  nucleotide sugar dehydrogenase  100 
 
 
453 aa  925    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3266  putative nucleotide sugar dehydrogenase  67.99 
 
 
453 aa  629  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38360  putative nucleotide sugar dehydrogenase  67.55 
 
 
453 aa  623  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0121251 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1343  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.2 
 
 
440 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  54.75 
 
 
443 aa  499  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1466  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.3 
 
 
445 aa  501  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.434969  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  54.63 
 
 
440 aa  495  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1405  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.3 
 
 
440 aa  497  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.72 
 
 
463 aa  491  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.18 
 
 
467 aa  489  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.93 
 
 
447 aa  488  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.26 
 
 
447 aa  486  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  49.66 
 
 
440 aa  484  1e-135  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  52.13 
 
 
447 aa  480  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  53.59 
 
 
450 aa  481  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2878  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.63 
 
 
466 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.104734  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1816  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.67 
 
 
453 aa  477  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.17 
 
 
442 aa  478  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2253  nucleotide sugar dehydrogenase  53.17 
 
 
466 aa  477  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.34 
 
 
445 aa  476  1e-133  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  50.68 
 
 
445 aa  473  1e-132  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  51.13 
 
 
448 aa  474  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000065452  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2997  nucleotide sugar dehydrogenase  51.4 
 
 
467 aa  471  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.218843  hitchhiker  0.00250768 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.05 
 
 
436 aa  474  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1280  nucleotide sugar dehydrogenase  51.13 
 
 
445 aa  473  1e-132  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000077614  normal  0.824571 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0572  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.07 
 
 
466 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1051  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.07 
 
 
466 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0606  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.45 
 
 
442 aa  473  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.641401  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0931  nucleotide sugar dehydrogenase  52.52 
 
 
466 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  52.6 
 
 
435 aa  469  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27790  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.82 
 
 
440 aa  470  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2708  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.36 
 
 
447 aa  470  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0287014  decreased coverage  0.0000651143 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0986  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.18 
 
 
467 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  52.6 
 
 
436 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2484  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.51 
 
 
473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0901  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.11 
 
 
440 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.665804  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3394  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.11 
 
 
440 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.852833  normal  0.0959511 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0927  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.52 
 
 
466 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749259  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1010  nucleotide sugar dehydrogenase  52.85 
 
 
466 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0727492  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.77 
 
 
445 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  53.32 
 
 
470 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0917  UDP-glucose 6-dehydrogenase 2  53.3 
 
 
473 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.853858  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4164  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.19 
 
 
466 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  51.02 
 
 
445 aa  467  9.999999999999999e-131  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  49.43 
 
 
440 aa  468  9.999999999999999e-131  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1642  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.07 
 
 
466 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602201  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  51.47 
 
 
440 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2941  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.63 
 
 
466 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0750  nucleotide sugar dehydrogenase  51.75 
 
 
470 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.02 
 
 
438 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4918  nucleotide sugar dehydrogenase  53.1 
 
 
470 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103768  hitchhiker  0.000469095 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4542  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.32 
 
 
470 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  52.03 
 
 
448 aa  466  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.35 
 
 
445 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3821  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.32 
 
 
470 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2622  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.3 
 
 
473 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2236  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.26 
 
 
452 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0400  nucleotide sugar dehydrogenase  52.49 
 
 
446 aa  464  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2988  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.63 
 
 
466 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.9 
 
 
449 aa  463  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2275  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.1 
 
 
470 aa  464  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74283  normal  0.168164 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0956  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50 
 
 
444 aa  462  1e-129  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1430  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  47.99 
 
 
450 aa  464  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000289789  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0544  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.67 
 
 
473 aa  461  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1145  nucleotide sugar dehydrogenase  49.32 
 
 
444 aa  462  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91161  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2245  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.98 
 
 
482 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.807872  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  49.55 
 
 
445 aa  462  1e-129  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1956  nucleotide sugar dehydrogenase  51.98 
 
 
482 aa  464  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373537  normal  0.743154 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0408  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.26 
 
 
446 aa  463  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5547  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.88 
 
 
470 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143587  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3724  nucleotide sugar dehydrogenase  52.26 
 
 
470 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.168718 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.99 
 
 
450 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1968  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  50.23 
 
 
448 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.250179  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2330  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  50.23 
 
 
448 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0299492  normal  0.148756 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0423  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.19 
 
 
466 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1843  nucleotide sugar dehydrogenase  49.1 
 
 
441 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.0000229884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2077  nucleotide sugar dehydrogenase  50.23 
 
 
448 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2323  nucleotide sugar dehydrogenase  50.11 
 
 
440 aa  460  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1058  nucleotide sugar dehydrogenase  51.22 
 
 
476 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0942  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.19 
 
 
466 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.45 
 
 
448 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0206  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.19 
 
 
466 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.58 
 
 
446 aa  461  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0484  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.24 
 
 
446 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2567  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.19 
 
 
466 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1388  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.98 
 
 
442 aa  461  9.999999999999999e-129  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  50 
 
 
522 aa  457  1e-127  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  50.44 
 
 
449 aa  455  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.55 
 
 
446 aa  455  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  48.43 
 
 
445 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2042  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.33 
 
 
445 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2846  nucleotide sugar dehydrogenase  51.35 
 
 
445 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.115045 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1693  nucleotide sugar dehydrogenase  49.55 
 
 
445 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.110562  hitchhiker  0.00856066 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.34 
 
 
452 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  49.1 
 
 
437 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2817  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.56 
 
 
446 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0578  nucleotide sugar dehydrogenase  51.77 
 
 
453 aa  451  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851366  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0854  nucleotide sugar dehydrogenase  50.66 
 
 
454 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.74874 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  49.1 
 
 
437 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>