33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2565 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2565  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 259 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.743333  normal  0.137463 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3379  xylose isomerase domain protein TIM barrel  86.1 
 
 		 259 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.11254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2379  xylose isomerase domain-containing protein  85.33 
 
 		 259 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2568  xylose isomerase domain-containing protein  69.11 
 
 		 259 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35360  hypothetical protein  59.22 
 
 		 260 aa  271  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101497  normal  0.0806512 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26880  hypothetical protein  56.97 
 
 		 260 aa  267  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0781566  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2980  hypothetical protein  58.04 
 
 		 260 aa  256  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2901  xylose isomerase-like TIM barrel  53.64 
 
 		 260 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1487  xylose isomerase domain-containing protein  38.74 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0060  xylose isomerase domain-containing protein  39.76 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3415  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.04 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0170  xylose isomerase domain-containing protein  37.96 
 
 		 253 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1254  xylose isomerase domain-containing protein  37.18 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0689  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.69 
 
 		 256 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.208396  normal  0.278119 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0755  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.17 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.15205 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6345  xylose isomerase-like TIM barrel  36.1 
 
 		 280 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249721  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1734  xylose isomerase domain-containing protein  36.1 
 
 		 280 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1655  xylose isomerase domain-containing protein  38.33 
 
 		 254 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.131538  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1747  xylose isomerase domain-containing protein  35.68 
 
 		 280 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.907837 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1655  xylose isomerase domain-containing protein  38.33 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.71258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1525  xylose isomerase domain-containing protein  38.1 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.394526  normal  0.900622 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0500  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.14 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0428613  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.14 
 
 		 296 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5030  xylose isomerase-like TIM barrel  37.63 
 
 		 254 aa  92.4  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.214192 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1979  putative epimerase, KguE-like  39.18 
 
 		 257 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0445694 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2295  hypothetical protein  36.44 
 
 		 350 aa  89.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2097  hypothetical protein  37.45 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0960  hypothetical protein  37.45 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0128  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.38 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.334205  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2155  hypothetical protein  37.45 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.313298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2289  AP endonuclease  37.45 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1669  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.89 
 
 		 253 aa  71.2  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000240726  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1802  hypothetical protein  27.31 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>