33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3379 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3379  xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 259 aa  513  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.11254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2379  xylose isomerase domain-containing protein  98.07 
 
 		 259 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2565  xylose isomerase domain-containing protein  86.1 
 
 		 259 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.743333  normal  0.137463 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2568  xylose isomerase domain-containing protein  71.04 
 
 		 259 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26880  hypothetical protein  56.86 
 
 		 260 aa  268  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0781566  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35360  hypothetical protein  56.86 
 
 		 260 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101497  normal  0.0806512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2980  hypothetical protein  57.42 
 
 		 260 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2901  xylose isomerase-like TIM barrel  52.92 
 
 		 260 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1487  xylose isomerase domain-containing protein  40.39 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3415  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.87 
 
 		 247 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0170  xylose isomerase domain-containing protein  39.18 
 
 		 253 aa  132  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0060  xylose isomerase domain-containing protein  37.5 
 
 		 250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1254  xylose isomerase domain-containing protein  38.03 
 
 		 254 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0755  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.43 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.15205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0689  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.69 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.208396  normal  0.278119 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0500  sugar phosphate isomerase/epimerase  34.22 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0428613  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1734  xylose isomerase domain-containing protein  35.42 
 
 		 280 aa  111  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6345  xylose isomerase-like TIM barrel  35.42 
 
 		 280 aa  111  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249721  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1747  xylose isomerase domain-containing protein  35 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.907837 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1655  xylose isomerase domain-containing protein  37.92 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.71258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1655  xylose isomerase domain-containing protein  37.92 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.131538  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1525  xylose isomerase domain-containing protein  39.22 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.394526  normal  0.900622 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.66 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1979  putative epimerase, KguE-like  39.39 
 
 		 257 aa  99.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0445694 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5030  xylose isomerase-like TIM barrel  39.09 
 
 		 254 aa  93.2  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.214192 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2295  hypothetical protein  36.17 
 
 		 350 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0128  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.21 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.334205  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1669  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.27 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000240726  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2097  hypothetical protein  37.87 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0960  hypothetical protein  37.87 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2155  hypothetical protein  37.45 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.313298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2289  AP endonuclease  37.45 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1802  hypothetical protein  25.62 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>