More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0441 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0441  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  100 
 
 
177 aa  367  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132862  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0439  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.49 
 
 
172 aa  191  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.281329  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0608  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.34 
 
 
172 aa  189  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.128184  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5440  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  70.49 
 
 
72 aa  92.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0366792  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0442  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.31 
 
 
132 aa  89  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.059171  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2173  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  70 
 
 
415 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.953962  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5441  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  69.23 
 
 
72 aa  80.9  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0604584  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13280  rubredoxin rubA  64.15 
 
 
55 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.789329  normal  0.716019 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0972  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  60 
 
 
476 aa  79.7  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.425779 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2210  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  61.54 
 
 
480 aa  79.7  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1351  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64.15 
 
 
53 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.359999  normal  0.98551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5738  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64 
 
 
54 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1334  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64.15 
 
 
53 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1370  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64.15 
 
 
53 aa  77.8  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6897  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  66.67 
 
 
56 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1743  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60 
 
 
57 aa  75.5  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.884753  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0757  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  57.89 
 
 
469 aa  75.5  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4720  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60 
 
 
57 aa  74.3  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.378789 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4212  Alkane 1-monooxygenase  54.55 
 
 
470 aa  74.3  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0037  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60 
 
 
455 aa  73.6  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4424  rubrerythrin  62.26 
 
 
237 aa  72.8  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4853  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  63.04 
 
 
445 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0852064 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0559  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  58.18 
 
 
62 aa  71.6  0.000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1308  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.77 
 
 
444 aa  71.2  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02387  hypothetical protein  53.7 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.501645  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001294  rubredoxin-NAD(+) reductase  56.86 
 
 
477 aa  70.9  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.956005  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1149  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.77 
 
 
444 aa  70.9  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.751699 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1492  hypothetical protein  54.55 
 
 
58 aa  69.7  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1491  hypothetical protein  54.55 
 
 
58 aa  69.7  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0603  hypothetical protein  58.82 
 
 
63 aa  69.3  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000402214 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3173  rubredoxin  52.83 
 
 
91 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.665694  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2749  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  58 
 
 
53 aa  69.3  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7103  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
140 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3710  putative rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0768491 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1582  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.77 
 
 
54 aa  68.9  0.00000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1649  rubrerythrin  45.33 
 
 
238 aa  68.6  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.429351 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1253  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60.78 
 
 
54 aa  68.9  0.00000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000698268  hitchhiker  0.00824609 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0217  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
58 aa  68.9  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6127  rubredoxin  60.78 
 
 
55 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0752  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.765216  normal  0.104099 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0380  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.215442  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0735  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.026428  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4666  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
444 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00796628  normal  0.983667 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70630  rubredoxin 2  60.78 
 
 
55 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0862  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2554  rubredoxin protein  50.98 
 
 
60 aa  68.2  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0602  rubredoxin  50.91 
 
 
58 aa  68.2  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000399652 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3813  rubredoxin  52.83 
 
 
56 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131702  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1538  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.67 
 
 
237 aa  67.8  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.029752 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2744  rubredoxin  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1999  rubredoxin  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0833  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0206003  hitchhiker  0.0000319456 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3151  rubredoxin  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.305413  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3960  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.326479 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3115  rubredoxin  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1460  rubredoxin  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2330  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0569406 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1511  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  49.23 
 
 
237 aa  67.8  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3286  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56 
 
 
63 aa  67.8  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552771  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0914  rubredoxin  52.83 
 
 
56 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3592  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.86 
 
 
55 aa  67.8  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2515  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60.42 
 
 
53 aa  67.8  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310481  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5371  rubredoxin/rubredoxin reductase  54 
 
 
461 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0205  RubA  49.18 
 
 
81 aa  67.4  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2316  rubredoxin  56 
 
 
56 aa  67  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0866  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
56 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0534026  normal  0.223756 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7086  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50.94 
 
 
137 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3672  rubredoxin  54 
 
 
57 aa  67.4  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0459184  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2626  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  49.09 
 
 
65 aa  67  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2526  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
56 aa  67  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105368 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0668  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.94 
 
 
64 aa  67.4  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00929106  normal  0.799564 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3952  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.72 
 
 
61 aa  67.4  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.336788 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28841  rubredoxin:rubrerythrin:rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.85 
 
 
235 aa  67  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5315  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0447169 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2624  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.94 
 
 
56 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1978  rubredoxin-like  50.94 
 
 
76 aa  66.6  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000953598  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0158  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  61.7 
 
 
55 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0937  rubredoxin-related protein  52.83 
 
 
105 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.198839  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1744  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.6 
 
 
60 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0197  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.9 
 
 
55 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.492346 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5363  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.223368 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0916  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.9 
 
 
100 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.537464  normal  0.0622882 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1559  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.62 
 
 
60 aa  66.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.232754  normal  0.675507 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5224  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.573132 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1630  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  57.69 
 
 
54 aa  65.9  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48490  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.9 
 
 
55 aa  65.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.552989  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4403  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.86 
 
 
55 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.162271 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0177  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
58 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1352  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.72 
 
 
59 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.246389  normal  0.726116 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0620  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  57.45 
 
 
52 aa  65.5  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.343902  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6128  rubredoxin 1  56.86 
 
 
55 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3447  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  58 
 
 
58 aa  65.5  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0900  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
57 aa  65.5  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.837679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70640  rubredoxin 1  56.86 
 
 
55 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3629  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
64 aa  65.1  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0122  alkane 1-monooxygenase  53.19 
 
 
481 aa  64.7  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.174684  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0611  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  49.06 
 
 
60 aa  64.7  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672431  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5702  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.83 
 
 
60 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0559  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  49.06 
 
 
60 aa  64.7  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.319433  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2068  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.72 
 
 
56 aa  64.7  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.190541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>