284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0442 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0442  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  100 
 
 
132 aa  279  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.059171  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5440  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  75.93 
 
 
72 aa  99.8  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0366792  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0608  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42.74 
 
 
172 aa  92.8  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.128184  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0439  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64.29 
 
 
172 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.281329  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0441  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.31 
 
 
177 aa  89  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132862  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1334  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  66 
 
 
53 aa  83.6  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1351  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  66 
 
 
53 aa  83.6  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.359999  normal  0.98551 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1370  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  66 
 
 
53 aa  82  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5738  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64 
 
 
54 aa  81.3  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4720  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64 
 
 
57 aa  80.1  0.000000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.378789 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1743  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60 
 
 
57 aa  79.7  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.884753  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2749  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  62 
 
 
53 aa  77  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4212  Alkane 1-monooxygenase  50.91 
 
 
470 aa  76.3  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0603  hypothetical protein  58.49 
 
 
63 aa  76.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000402214 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13280  rubredoxin rubA  60 
 
 
55 aa  74.3  0.0000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.789329  normal  0.716019 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0122  alkane 1-monooxygenase  46.3 
 
 
481 aa  68.2  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.174684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4403  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
55 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.162271 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1190  putative rubredoxin protein  54.72 
 
 
54 aa  65.5  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.489682 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1200  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.72 
 
 
54 aa  65.5  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.196829  normal  0.959645 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0972  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.38 
 
 
476 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.425779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6128  rubredoxin 1  54 
 
 
55 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70640  rubredoxin 1  54 
 
 
55 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70630  rubredoxin 2  54 
 
 
55 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6127  rubredoxin  54 
 
 
55 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2316  rubredoxin  52 
 
 
56 aa  62.8  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0197  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
55 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.492346 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1377  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56 
 
 
55 aa  63.5  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.320132  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001294  rubredoxin-NAD(+) reductase  50 
 
 
477 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.956005  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0158  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
55 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3592  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
55 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6897  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  49.06 
 
 
56 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0757  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50.94 
 
 
469 aa  61.6  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0562  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.06 
 
 
195 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.146358 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5224  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
55 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.573132 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5315  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
55 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0447169 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1253  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
54 aa  61.2  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000698268  hitchhiker  0.00824609 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5363  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
55 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.223368 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2210  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  43.55 
 
 
480 aa  61.2  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0091  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
54 aa  60.5  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.94635  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2418  RubB protein  48.15 
 
 
55 aa  60.8  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5371  rubredoxin/rubredoxin reductase  50 
 
 
461 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5602  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
55 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681813  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0037  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.02 
 
 
455 aa  59.7  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5029  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48 
 
 
55 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.651986  normal  0.30239 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0605  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.16 
 
 
54 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0064851  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2626  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.06 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0559  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.32 
 
 
62 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1582  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  49.09 
 
 
54 aa  58.5  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4855  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48 
 
 
54 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.802626  normal  0.0694189 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0238  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.06 
 
 
56 aa  58.5  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.24657  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1971  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
127 aa  58.2  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.275422 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0260  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.06 
 
 
56 aa  57.8  0.00000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3447  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.19 
 
 
58 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3173  rubredoxin  48.94 
 
 
91 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.665694  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2748  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
62 aa  57.8  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3286  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46 
 
 
63 aa  57.4  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552771  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5474  rubredoxin  48 
 
 
55 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4719  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50.94 
 
 
60 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.378789 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0680  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46 
 
 
56 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.807996  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4666  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
444 aa  57  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00796628  normal  0.983667 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3672  rubredoxin  42 
 
 
57 aa  57  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0459184  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3080  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
54 aa  57  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.3234  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1254  rubredoxin  52.38 
 
 
56 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1492  hypothetical protein  50 
 
 
58 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1491  hypothetical protein  50 
 
 
58 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1288  flavin reductase-like, FMN-binding  46.34 
 
 
229 aa  56.2  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000609223 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2164  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.27 
 
 
52 aa  57  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0602  rubredoxin  46 
 
 
58 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000399652 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1744  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50.94 
 
 
60 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0833  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0206003  hitchhiker  0.0000319456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2330  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0569406 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1999  rubredoxin  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0914  rubredoxin  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3960  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.326479 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3115  rubredoxin  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0752  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.765216  normal  0.104099 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3151  rubredoxin  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.305413  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0973  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.73 
 
 
52 aa  56.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000000469593  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1460  rubredoxin  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2744  rubredoxin  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2173  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
415 aa  55.8  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.953962  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3813  rubredoxin  48.94 
 
 
56 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131702  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0668  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.1 
 
 
64 aa  56.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00929106  normal  0.799564 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0380  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.215442  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1352  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.06 
 
 
59 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.246389  normal  0.726116 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0735  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.026428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0862  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0111  rubredoxin  45.83 
 
 
57 aa  56.2  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2083  rubredoxin  45.83 
 
 
57 aa  56.2  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3357  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.73 
 
 
52 aa  55.1  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3687  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.06 
 
 
59 aa  55.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.484857  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2624  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.1 
 
 
56 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0866  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
56 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0534026  normal  0.223756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1149  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.06 
 
 
444 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.751699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7086  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  43.4 
 
 
137 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7103  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.28 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5441  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.45 
 
 
72 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0604584  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2526  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
56 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105368 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48490  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46 
 
 
55 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.552989  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2245  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.73 
 
 
57 aa  55.5  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0270478  normal  0.0358856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>