126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2000 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2000  YCII-related  100 
 
 		 91 aa  190  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1511  YciI-like protein  52.87 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0163  YciI-like protein  52.87 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2916  YciI-like protein  51.72 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0990544  normal  0.0892164 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2831  YciI-like protein  50.56 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4078  YCII-related  44.94 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0115  YCII-related  43.96 
 
 		 93 aa  80.5  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.011377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4017  YciI-like protein  44.57 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2963  YciI-like protein  46.74 
 
 		 97 aa  77  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3205  YciI-like protein  40.22 
 
 		 98 aa  76.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173506  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3696  YciI-like protein  41.3 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2936  YCII-related  42.7 
 
 		 97 aa  74.3  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366062 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3413  YCII-related domain protein  42.7 
 
 		 90 aa  73.6  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0972  YciI-like protein  46.07 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1342  YCII-related  36.67 
 
 		 94 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000378288 
 
 
-
 
NC_004310  BR1890  YciI-like protein  43.33 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1818  YciI-like protein  43.33 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0636505  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4142  YciI-like protein  40.22 
 
 		 97 aa  61.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1484  YCII-related  36.78 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1987  YciI-like protein  38.95 
 
 		 100 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000630595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2019  YCII-related  36.08 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0263294  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1485  YciI-like protein  37.11 
 
 		 99 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00728644  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22780  YciI-like protein  36.08 
 
 		 99 aa  57  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.064842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1924  YciI-like protein  36.08 
 
 		 99 aa  57  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0914031  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1808  hypothetical protein  37.11 
 
 		 99 aa  57  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15620  YCII-related domain protein  40.21 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0167748  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0037  YCII-related  37.78 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1590  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.818061 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1040  yciL protein  32.29 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1865  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.270927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1928  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1871  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.737215  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1408  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1833  YciI-like protein  38.14 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.855778  normal  0.363784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4502  YciI-like protein  37.11 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1098  hypothetical protein  34.41 
 
 		 114 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1010  YCII-related  35.42 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000895007  normal  0.607301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1410  YciI-like protein  37.11 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0448344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3588  YciI-like protein  36.08 
 
 		 99 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.324213  normal  0.960338 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2904  YCII-related  36.08 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.087124  normal  0.332831 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1994  YCII-related protein  35.42 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2186  YCII-related  35.05 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.054491  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2288  YciI-like protein  36.08 
 
 		 98 aa  52.8  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.896099  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3906  YCII-related domain-containing protein  35.05 
 
 		 103 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.63147  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1360  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1399  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.278686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01225  predicted enzyme  35.05 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2397  YCII-related protein  35.05 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00577394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01235  hypothetical protein  35.05 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.947238  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1738  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000940288  normal  0.0139012 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2376  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115625  hitchhiker  0.0000012139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1881  YciI-like protein  35.05 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387987 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3336  YciI-like protein  28.09 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2851  YCII-related protein  30.68 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2684  YCII-related  34.02 
 
 		 98 aa  50.8  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.112307  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1964  YciI-like protein  32.22 
 
 		 98 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0268775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3791  YciI-like protein  34.02 
 
 		 99 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000137608 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1645  hypothetical protein  32.29 
 
 		 100 aa  50.4  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.290819  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1879  YCII-related  31.25 
 
 		 100 aa  50.1  0.000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2316  YCII-related domain-containing protein  31.96 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2112  YCII-related  34.34 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000414842  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1945  YCII-related  35.05 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02294  hypothetical protein  35.79 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2386  hypothetical protein  34.02 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1145  YciI-like protein  32.29 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3379  YCII-related  31.96 
 
 		 103 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.614146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5217  YCII-related  31.96 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.967881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2261  YciI-like protein  32.29 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.0746903 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2294  YCII-related protein  33.33 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724266  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1530  hypothetical protein  31.96 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0321161 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1233  YCII-related  32.99 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000791191  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1716  YciI-like protein  34.02 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0586  YciI-like protein  34.38 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6069  YCII-related protein  30.93 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1650  YciI-like protein  32.29 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000239364  hitchhiker  0.0000000000431009 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2714  YciI-like protein  32.29 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0349915  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2736  YciI-like protein  32.29 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000268578  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2815  YciI-like protein  32.29 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000129416  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1879  YciI-like protein  34.38 
 
 		 99 aa  47.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2262  YciI-like protein  31.96 
 
 		 99 aa  47.8  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147649  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1669  YciI-like protein  31.25 
 
 		 99 aa  47.4  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000851056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1729  YCII-related protein  32.99 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1420  YciI-like protein  34.02 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0374625  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4138  YciI-like protein  29.21 
 
 		 100 aa  47  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1947  YciI-like protein  29.29 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2148  YciI-like protein  29.29 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.432315  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2057  YCII-related  29.29 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3572  YciI-like protein  31.87 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.689182  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0349  YCII-related  30.43 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117394  normal  0.0868424 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1508  YciI-like protein  32.94 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2138  YciI-like protein  32.29 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1415  YCII-related  34.41 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000050169 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1699  YciI-like protein  32.95 
 
 		 109 aa  46.2  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2736  hypothetical protein  32.99 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0209633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0666  YCII-related domain protein  32.29 
 
 		 109 aa  45.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3433  YCII-related  30.93 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3398  YCII-related  34.02 
 
 		 101 aa  46.2  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000326779  normal  0.427283 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2195  YCII-related protein  31.18 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4084  YCII-related  30.93 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1975  YciI-like protein  32.95 
 
 		 109 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>