18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4941 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0527  LmbE family protein  85.65 
 
 		 467 aa  736    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.860453  normal  0.132205 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4813  LmbE family protein  97.64 
 
 		 476 aa  830    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4941  LmbE family protein  100 
 
 		 467 aa  935    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.979997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4990  LmbE family protein  92.72 
 
 		 467 aa  791    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4989  hypothetical protein  68.03 
 
 		 478 aa  628  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0531  LmbE-like protein  67.96 
 
 		 469 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0476  LmbE-like protein  69.25 
 
 		 485 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.256503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66140  hypothetical protein  65.67 
 
 		 472 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5737  hypothetical protein  64.03 
 
 		 473 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0596  LmbE family protein  61.59 
 
 		 462 aa  508  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44690  LmbE family protein  59.23 
 
 		 487 aa  506  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0845  LmbE family protein  31.81 
 
 		 445 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1028  LmbE family protein  29.61 
 
 		 300 aa  51.2  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.912842  normal  0.457472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0814  LmbE family protein  27.27 
 
 		 316 aa  51.2  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0312  LmbE family protein  22.22 
 
 		 487 aa  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4142  glucosamine-6-phosphate deaminase-like protein  22.05 
 
 		 639 aa  44.3  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.513919 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3554  LmbE family protein  25.78 
 
 		 337 aa  43.1  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1264  LmbE-like protein protein  27.75 
 
 		 322 aa  43.1  0.01  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0430129 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>