41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4163 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4163  mannitol repressor protein  100 
 
 		 188 aa  382  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4445  mannitol repressor protein  97.34 
 
 		 187 aa  367  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0054  mannitol repressor protein  81.11 
 
 		 201 aa  284  5.999999999999999e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.667154  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0134  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 196 aa  264  7e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03456  DNA-binding repressor  72.68 
 
 		 195 aa  263  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3934  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 195 aa  263  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3808  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 195 aa  263  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.498661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4018  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 195 aa  263  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03407  hypothetical protein  72.68 
 
 		 195 aa  263  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0105  mannitol repressor, MtlR  72.68 
 
 		 195 aa  263  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4971  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 195 aa  262  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4100  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 195 aa  262  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0111  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 195 aa  262  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4010  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 196 aa  261  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.272452 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3887  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 196 aa  261  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3965  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 196 aa  261  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.723807 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3903  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 196 aa  261  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.874677  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4072  mannitol repressor protein  72.68 
 
 		 196 aa  261  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0074  mannitol repressor protein  69.54 
 
 		 183 aa  247  8e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0028  mannitol repressor protein  68.39 
 
 		 184 aa  245  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3778  mannitol repressor protein  68.39 
 
 		 184 aa  245  3e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4126  mannitol repressor protein  68.39 
 
 		 184 aa  245  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0194  mannitol repressor protein  41.18 
 
 		 193 aa  132  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2815  mannitol repressor protein  35.88 
 
 		 176 aa  122  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00832  mannitol repressor protein  43.7 
 
 		 176 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001634  mannitol operon repressor  43.7 
 
 		 176 aa  109  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0984  mannitol repressor protein  33.73 
 
 		 179 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.11012 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0090  mannitol repressor protein  36.31 
 
 		 179 aa  107  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.345813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1250  mannitol repressor protein  33.72 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3250  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 173 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.985054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3317  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.52 
 
 		 169 aa  72  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3359  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.16 
 
 		 161 aa  65.1  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4231  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 169 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02760  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 169 aa  62  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.310913  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0781  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 169 aa  62  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.365395  normal  0.220533 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3087  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 169 aa  62  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02723  hypothetical protein  31.36 
 
 		 169 aa  62  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.260135  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0764  mannitol repressor, MtlR  31.36 
 
 		 169 aa  62  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3264  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 169 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.577406  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3071  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.51 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0270889 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001415  putative transcriptional regulator  26.38 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>