41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0194 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0194  mannitol repressor protein  100 
 
 
193 aa  393  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001634  mannitol operon repressor  72.16 
 
 
176 aa  255  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00832  mannitol repressor protein  71.59 
 
 
176 aa  252  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2815  mannitol repressor protein  63.07 
 
 
176 aa  240  7.999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03456  DNA-binding repressor  44.09 
 
 
195 aa  150  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03407  hypothetical protein  44.09 
 
 
195 aa  150  8e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4018  mannitol repressor protein  44.09 
 
 
195 aa  150  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3934  mannitol repressor protein  44.09 
 
 
195 aa  150  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3808  mannitol repressor protein  44.09 
 
 
195 aa  150  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.498661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0105  mannitol repressor, MtlR  44.09 
 
 
195 aa  150  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4100  mannitol repressor protein  44.09 
 
 
195 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0111  mannitol repressor protein  44.09 
 
 
195 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4971  mannitol repressor protein  44.09 
 
 
195 aa  150  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4072  mannitol repressor protein  44.25 
 
 
196 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3903  mannitol repressor protein  44.25 
 
 
196 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.874677  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3887  mannitol repressor protein  44.25 
 
 
196 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4010  mannitol repressor protein  44.25 
 
 
196 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.272452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3965  mannitol repressor protein  44.25 
 
 
196 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.723807 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0134  mannitol repressor protein  43.68 
 
 
196 aa  143  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0074  mannitol repressor protein  42.01 
 
 
183 aa  143  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3778  mannitol repressor protein  44.24 
 
 
184 aa  139  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0028  mannitol repressor protein  44.24 
 
 
184 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4126  mannitol repressor protein  44.24 
 
 
184 aa  139  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0054  mannitol repressor protein  41.28 
 
 
201 aa  135  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.667154  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4163  mannitol repressor protein  41.18 
 
 
188 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4445  mannitol repressor protein  41.38 
 
 
187 aa  131  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1250  mannitol repressor protein  40.8 
 
 
171 aa  127  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0984  mannitol repressor protein  36.75 
 
 
179 aa  118  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.11012 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0090  mannitol repressor protein  36.99 
 
 
179 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.345813  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02723  hypothetical protein  28.57 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.260135  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0764  mannitol repressor, MtlR  28.57 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02760  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 
169 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.310913  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3359  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.67 
 
 
161 aa  56.6  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3250  putative DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 
173 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.985054  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3317  putative DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 
169 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3071  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 
169 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0270889 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0781  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 
169 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.365395  normal  0.220533 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3264  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 
169 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.577406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3087  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 
169 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4231  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.98 
 
 
169 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001415  putative transcriptional regulator  30.49 
 
 
172 aa  50.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>