41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0090 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0090  mannitol repressor protein  100 
 
 
179 aa  358  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.345813  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0984  mannitol repressor protein  82.12 
 
 
179 aa  291  2e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.11012 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03456  DNA-binding repressor  35.98 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4018  mannitol repressor protein  35.98 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3934  mannitol repressor protein  35.98 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03407  hypothetical protein  35.98 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0074  mannitol repressor protein  36.09 
 
 
183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3808  mannitol repressor protein  35.98 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.498661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0105  mannitol repressor, MtlR  35.98 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4100  mannitol repressor protein  35.98 
 
 
195 aa  119  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4971  mannitol repressor protein  35.98 
 
 
195 aa  119  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0111  mannitol repressor protein  35.98 
 
 
195 aa  119  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3903  mannitol repressor protein  36.59 
 
 
196 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.874677  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3887  mannitol repressor protein  36.59 
 
 
196 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4072  mannitol repressor protein  36.59 
 
 
196 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4010  mannitol repressor protein  36.59 
 
 
196 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.272452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3965  mannitol repressor protein  36.59 
 
 
196 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.723807 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4126  mannitol repressor protein  35.23 
 
 
184 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0028  mannitol repressor protein  35.23 
 
 
184 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3778  mannitol repressor protein  35.23 
 
 
184 aa  115  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0134  mannitol repressor protein  38.41 
 
 
196 aa  115  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2815  mannitol repressor protein  36.05 
 
 
176 aa  114  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0194  mannitol repressor protein  36.99 
 
 
193 aa  111  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001634  mannitol operon repressor  40.48 
 
 
176 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4163  mannitol repressor protein  36.31 
 
 
188 aa  107  8.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4445  mannitol repressor protein  34.76 
 
 
187 aa  107  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00832  mannitol repressor protein  38.69 
 
 
176 aa  106  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0054  mannitol repressor protein  34.16 
 
 
201 aa  105  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.667154  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1250  mannitol repressor protein  31.36 
 
 
171 aa  86.7  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001415  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 
172 aa  62  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4231  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.62 
 
 
169 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3359  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.11 
 
 
161 aa  55.5  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3250  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.85 
 
 
173 aa  54.7  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.985054  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3317  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.85 
 
 
169 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0781  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.62 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.365395  normal  0.220533 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3264  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.62 
 
 
169 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.577406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3087  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.62 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02723  hypothetical protein  26.09 
 
 
169 aa  51.6  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.260135  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0764  mannitol repressor, MtlR  26.09 
 
 
169 aa  51.6  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02760  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.09 
 
 
169 aa  51.6  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.310913  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3071  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.62 
 
 
169 aa  51.2  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0270889 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>