28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0853 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0853  plasmid maintenance protein CcdB  100 
 
 		 101 aa  208  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.418454  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3417  plasmid maintenance protein CcdB  95.05 
 
 		 101 aa  200  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.415149  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3040  plasmid maintenance protein CcdB  94.06 
 
 		 101 aa  197  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0495  plasmid maintenance protein CcdB  92.08 
 
 		 101 aa  197  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3544  plasmid maintenance protein CcdB  92.08 
 
 		 101 aa  190  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.125456  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3105  plasmid maintenance protein CcdB  89.11 
 
 		 101 aa  188  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0050  plasmid maintenance protein CcdB  59.41 
 
 		 101 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0056  plasmid maintenance protein CcdB  59.41 
 
 		 101 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0252  plasmid maintenance protein CcdB  58.42 
 
 		 101 aa  129  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.505471  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0036  plasmid maintenance protein CcdB  57.43 
 
 		 101 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.78995 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0037  plasmid maintenance protein CcdB  58.33 
 
 		 84 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.684176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1475  CcdB protein  37.5 
 
 		 104 aa  73.6  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4745  cytotoxic protein CcdB  37.62 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.276116  normal  0.0346458 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4794  cytotoxic protein CcdB  37.62 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.824423  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4876  cytotoxic protein CcdB  37.62 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00610232 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1555  CcdB protein  36.54 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0055  CcdB protein  36.45 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.619921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4518  CcdB protein  32.32 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0969396 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3989  CcdB-like toxin protein  29.21 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.409509 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4230  hypothetical protein  32 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.388244 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1730  hypothetical protein  32.14 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2488  hypothetical protein  28.57 
 
 		 104 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2583  CcdB-like toxin protein  27.59 
 
 		 102 aa  45.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5522  putative CcdB cytotoxin-like protein  27.36 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0819956  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7279  CcdB-like toxin protein  29.41 
 
 		 105 aa  42  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.66787  normal  0.0280543 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1251  hypothetical protein  30.95 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321316  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2663  putative CcdB-like protein  25.49 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1255  CcdB-like toxin protein  28 
 
 		 102 aa  40  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.17313  normal  0.206879 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>