149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mthe_R0009 on replicon NC_008553
Organism: Methanosaeta thermophila PT



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008553  Mthe_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0921241  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0061  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.632048 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0037  tRNA-Ser  88.61 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.517191  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0061  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.488767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0048  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0043  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000207344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0107164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.565194  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.940611  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.194122  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.216172  normal  0.054895 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309189  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309285  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.582524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309147  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742423 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309365  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>