276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0026 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0030  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.582524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0006  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.286369  normal  0.0478712 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742423 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.940611  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.55 
 
 		 126 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309365  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0921241  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>