58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3788 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3788  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  100 
 
 		 338 aa  636    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1275  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  36.14 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.360246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0262  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  31.35 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2285  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  34.12 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2052  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  29.85 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1964  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  32.14 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.449611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0374  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  35.07 
 
 		 321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.273821  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0767  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  26.14 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000262712  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3048  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  35.14 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.015638  normal  0.0398441 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2391  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  37.17 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.482624  normal  0.310248 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0251  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  33.33 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.448542  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4485  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  28.75 
 
 		 331 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2959  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  33.83 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.465608  normal  0.0266391 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1488  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  27.46 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1002  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  26.98 
 
 		 326 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1250  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  28.09 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1428  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  27.8 
 
 		 326 aa  103  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.648837  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1129  hypothetical protein  28.57 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.392621 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5718  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  29.58 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.722941 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0914  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  27.58 
 
 		 357 aa  93.6  5e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.120937  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2524  putative C4-dicarboxylate transporter / malic acid transport protein  33.94 
 
 		 325 aa  90.5  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4011  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  30.98 
 
 		 338 aa  89.7  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1491  putative mvin protein  31.34 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4679  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  31.63 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0140  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  28.23 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2458  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  25.62 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.692661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1974  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.73 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2034  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.25 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00204759  hitchhiker  5.87722e-19 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1607  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.25 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2043  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  30.28 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1656  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.71 
 
 		 330 aa  73.2  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2116  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  26.35 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.347737  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1510  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.25 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01397  hypothetical protein  27.25 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01386  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.25 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2231  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.25 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.360309 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2218  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  27.25 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1746  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.25 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000864633  hitchhiker  4.635829999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0212  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  32.45 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1787  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.36 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0156  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  33.1 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131212  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1807  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  28.96 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0482  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.69 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1723  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.36 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1552  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.03 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2607  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  25.45 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.898363  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1733  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.03 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.933119 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1726  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  27.03 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.140642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5797  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  32.02 
 
 		 332 aa  67  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0712  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  30.1 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1367  potassium-tellurite ethidium and proflavin transporter  29.49 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0680  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  27.86 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09133  malate permease (Eurofung)  22.32 
 
 		 361 aa  55.8  0.0000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0625395  normal  0.622615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3375  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  21.43 
 
 		 353 aa  49.7  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2212  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  23.69 
 
 		 347 aa  49.7  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000186594  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0897  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  25.47 
 
 		 384 aa  45.4  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0526316  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1047  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  23.69 
 
 		 387 aa  44.3  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000418188  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1664  C4-dicarboxylate transporter/malic acid transport protein  24.55 
 
 		 383 aa  43.9  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537362  normal  0.0255572 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>