155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3777 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3777  SirA family protein  100 
 
 
60 aa  119  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0574  hypothetical protein  57.63 
 
 
75 aa  73.6  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000789219  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1672  SirA family protein  52.54 
 
 
76 aa  70.5  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0794  SirA family protein  50 
 
 
76 aa  70.5  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000819157  normal  0.19401 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2217  hypothetical protein  54.24 
 
 
76 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.403117  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4578  SirA-like protein  50.85 
 
 
75 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.408362  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0952  SirA-like  50.85 
 
 
75 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.872302  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1434  SirA family protein  50.85 
 
 
75 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2324  SirA family protein  47.46 
 
 
77 aa  68.2  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0434291  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1412  SirA family protein  50.85 
 
 
75 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.960057 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1881  SirA family protein  50.85 
 
 
75 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.045708 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2557  hypothetical protein  50 
 
 
76 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00791893  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2187  SirA family protein  50 
 
 
76 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0108315  hitchhiker  0.000000214154 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0631  SirA family protein  50 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.161479 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0920  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1839  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2640  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0863392  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1453  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0429  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0594568  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1662  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0398143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1684  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109756  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0734  hypothetical protein  51.67 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1314  SirA family protein  49.15 
 
 
75 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1353  SirA family protein  49.15 
 
 
75 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.563442  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0826  SirA family protein  49.15 
 
 
75 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.24854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0756  SirA family protein  49.15 
 
 
75 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0477358 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1134  hypothetical protein  49.15 
 
 
75 aa  65.1  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00450728 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3088  SirA-like  47.46 
 
 
75 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2801  SirA family protein  47.46 
 
 
77 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.205489 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0033  hypothetical protein  47.46 
 
 
78 aa  64.3  0.0000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000671264  normal  0.064173 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3614  SirA family protein  51.67 
 
 
76 aa  64.3  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000103575 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1333  hypothetical protein  45.76 
 
 
77 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1593  SirA family protein  48.33 
 
 
78 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.433427  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0861  SirA-like  47.46 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0811  SirA-like protein  45.76 
 
 
75 aa  63.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1989  SirA family protein  47.46 
 
 
75 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000867317 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4504  hypothetical protein  46.67 
 
 
76 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000117975 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0810  hypothetical protein  45.76 
 
 
75 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1028  SirA family protein  47.46 
 
 
75 aa  63.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.399081  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1011  SirA-like  47.46 
 
 
75 aa  62.8  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0937  rhodanese domain protein  48.33 
 
 
186 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000726035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2898  SirA family protein  45.76 
 
 
75 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2384  SirA family protein  45.76 
 
 
75 aa  62  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.21335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0830  rhodanese domain protein  48.33 
 
 
186 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233764  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0962  SirA family protein  46.67 
 
 
92 aa  61.2  0.000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.3564  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1937  SirA family protein  43.33 
 
 
76 aa  61.2  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.559837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2214  SirA family protein  47.46 
 
 
75 aa  61.2  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.160562 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0125  SirA family protein  45.76 
 
 
78 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0038  SirA family protein  40 
 
 
78 aa  60.8  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000689982  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2377  SirA-like  47.46 
 
 
75 aa  60.8  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0972982  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2791  SirA family protein  45 
 
 
76 aa  60.8  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0872  hypothetical protein  43.33 
 
 
76 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000063042 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0740  hypothetical protein  43.33 
 
 
76 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0137112  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0688  hypothetical protein  43.33 
 
 
76 aa  60.5  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.301237  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0778  hypothetical protein  43.33 
 
 
75 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1436  SirA family protein  45.76 
 
 
81 aa  60.5  0.000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.324916  normal  0.46012 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0866  rhodanese domain-containing protein  48.33 
 
 
186 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0672  hypothetical protein  46.67 
 
 
186 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00074605  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1298  SirA family protein  44.07 
 
 
75 aa  60.1  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1718  SirA family protein  47.46 
 
 
81 aa  60.1  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0686  hypothetical protein  46.67 
 
 
186 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.745505  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0674  hypothetical protein  43.33 
 
 
76 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.384362  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1254  hypothetical protein  45 
 
 
77 aa  59.7  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0940  hypothetical protein  43.33 
 
 
75 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000596514  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1959  redox protein regulator of disulfide bond formation-like  49.15 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000373287  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0870  rhodanese domain protein  46.67 
 
 
186 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000347313 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4506  rhodanese domain protein  46.67 
 
 
186 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000693639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3170  SirA family protein  44.07 
 
 
77 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.206236 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1085  SirA family protein  42.37 
 
 
77 aa  59.3  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0093  SirA-like protein  42.86 
 
 
82 aa  58.9  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0868  hypothetical protein  41.67 
 
 
75 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0939  hypothetical protein  43.33 
 
 
75 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000269274  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3724  SirA-like  45.76 
 
 
75 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0026  SirA family protein  40.68 
 
 
78 aa  58.2  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000175689  normal  0.0503522 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0688  SirA family protein  41.67 
 
 
75 aa  58.2  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0832  hypothetical protein  45 
 
 
76 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0738  rhodanese domain-containing protein  45 
 
 
186 aa  57.4  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0001064  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0776  rhodanese domain-containing protein  45 
 
 
186 aa  57.4  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3894  SirA family protein  38.98 
 
 
74 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401469  hitchhiker  0.00420681 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0686  SirA family protein  45 
 
 
194 aa  57  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1860  SirA family protein  42.37 
 
 
78 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771633  normal  0.0684437 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2088  hypothetical protein  42.37 
 
 
76 aa  55.5  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0107447  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0565  SirA family protein  48.33 
 
 
189 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000944688  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2642  SirA family protein  45 
 
 
201 aa  55.5  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140879  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3746  SirA family protein  36.67 
 
 
74 aa  55.5  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00371656  unclonable  0.000000591857 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35370  SirA-like protein  46.67 
 
 
83 aa  54.7  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3601  SirA family protein  37.29 
 
 
74 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0330  SirA family protein  42.37 
 
 
80 aa  53.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0561  SirA family protein  38.98 
 
 
75 aa  52.8  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00147914  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0717  SirA family protein  35.59 
 
 
102 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.178055  normal  0.908547 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3701  SirA family protein  42.62 
 
 
81 aa  51.6  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.60785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2500  SirA family protein  42.37 
 
 
213 aa  51.2  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2894  SirA family protein  37.29 
 
 
75 aa  51.2  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4317  SirA family protein  40.98 
 
 
81 aa  50.4  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.602123  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1233  SirA family protein  38.33 
 
 
79 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2132  hypothetical protein  33.9 
 
 
75 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00495785  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2429  SirA-like  41.67 
 
 
91 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1548  SirA family protein  35.59 
 
 
80 aa  50.1  0.00001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0325283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1263  SirA family protein  38.33 
 
 
79 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600838  normal  0.692978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4185  SirA family protein  38.33 
 
 
79 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312975  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>