39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1230 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1230  putative transmembrane protein  100 
 
 		 185 aa  352  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1267  putative transmembrane protein  35.5 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3846  hypothetical protein  32.57 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4009  hypothetical protein  30.36 
 
 		 178 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.898368  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1668  putative transmembrane protein  28.48 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.177896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0112  putative transmembrane protein  35.37 
 
 		 146 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0093  hypothetical protein  32.45 
 
 		 188 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000564586 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2315  putative transmembrane protein  30.67 
 
 		 184 aa  67.8  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.49097  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4601  putative transmembrane protein  36.21 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0346452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4467  putative transmembrane protein  36.21 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00546453  normal  0.335651 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2786  putative transmembrane protein  32.41 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000254813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1561  hypothetical protein  26.49 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4007  hypothetical protein  26.92 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2462  putative transmembrane protein  30.85 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  0.0703226 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1551  hypothetical protein  29.26 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2221  hypothetical protein  32.09 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5029  putative transmembrane protein  31.82 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.313273  normal  0.903322 
 
 
-
 
NC_003296  RS01895  putative transmembrane protein  36.59 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0216755  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0901  putative transmembrane protein  28.85 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0767133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0937  hypothetical protein  26.35 
 
 		 202 aa  52  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.650732  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3745  putative transmembrane protein  31.07 
 
 		 200 aa  50.4  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2951  hypothetical protein  27.06 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.64578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2244  hypothetical protein  32.88 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.28842 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1591  Maf-like protein  26.99 
 
 		 208 aa  46.6  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0880448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4957  hypothetical protein  30.56 
 
 		 235 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0643  hypothetical protein  29.86 
 
 		 235 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.817874  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4671  hypothetical protein  27.78 
 
 		 188 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.12708 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5256  hypothetical protein  30.56 
 
 		 173 aa  45.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.631222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4437  hypothetical protein  30.28 
 
 		 235 aa  44.7  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000924263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0763  hypothetical protein  27.27 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652238  normal  0.0879583 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3849  hypothetical protein  29.75 
 
 		 171 aa  44.3  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125049  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4535  hypothetical protein  27.78 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.026025  normal  0.651544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3339  hypothetical protein  31.97 
 
 		 174 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3482  hypothetical protein  29.52 
 
 		 220 aa  43.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0571375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5028  hypothetical protein  31.97 
 
 		 265 aa  42.7  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.966496  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0768  hypothetical protein  20.79 
 
 		 176 aa  42  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4669  hypothetical protein  25.87 
 
 		 188 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0865446 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3616  hypothetical protein  29.86 
 
 		 236 aa  42  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0674  hypothetical protein  23.33 
 
 		 204 aa  41.6  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal  0.849594 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>