31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01895 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01895  putative transmembrane protein  100 
 
 
188 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0216755  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4601  putative transmembrane protein  67.63 
 
 
190 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0346452  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4467  putative transmembrane protein  67.63 
 
 
190 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00546453  normal  0.335651 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2315  putative transmembrane protein  38.71 
 
 
184 aa  97.4  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.49097  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1668  putative transmembrane protein  32.56 
 
 
182 aa  90.1  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.177896 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1267  putative transmembrane protein  37.22 
 
 
177 aa  84  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2462  putative transmembrane protein  34.9 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  0.0703226 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1230  putative transmembrane protein  37.2 
 
 
185 aa  77.4  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0901  putative transmembrane protein  35.48 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0767133  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3849  hypothetical protein  36.13 
 
 
171 aa  74.3  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125049  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0937  hypothetical protein  34.42 
 
 
202 aa  74.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.650732  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2786  putative transmembrane protein  34.64 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000254813  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0093  hypothetical protein  35.85 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000564586 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0112  putative transmembrane protein  34.93 
 
 
146 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3745  putative transmembrane protein  36.53 
 
 
200 aa  69.3  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0394509  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3846  hypothetical protein  33.68 
 
 
183 aa  68.6  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4007  hypothetical protein  31.33 
 
 
179 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2951  hypothetical protein  30.49 
 
 
179 aa  64.3  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.64578  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4009  hypothetical protein  30.25 
 
 
178 aa  61.6  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.898368  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5029  putative transmembrane protein  31.29 
 
 
176 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.313273  normal  0.903322 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1561  hypothetical protein  29.01 
 
 
215 aa  57  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1282  hypothetical protein  28.57 
 
 
186 aa  51.2  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3832  hypothetical protein  24.68 
 
 
183 aa  49.3  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05846  hypothetical protein  24.85 
 
 
179 aa  45.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0768  hypothetical protein  25.16 
 
 
176 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0665  hypothetical protein  24.85 
 
 
167 aa  43.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4437  hypothetical protein  30.34 
 
 
235 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000924263 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4957  hypothetical protein  30.34 
 
 
235 aa  42.4  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1551  hypothetical protein  24.69 
 
 
217 aa  42.4  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0643  hypothetical protein  28.78 
 
 
235 aa  41.6  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.817874  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4248  hypothetical protein  25.28 
 
 
192 aa  41.2  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>