46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1354 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1354  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0042  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0012  tRNA-Thr  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04020  tRNA-Thr  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.730789  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03660  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.018948  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1168  tRNA-Met  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0044  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0017  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.847509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0013  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0050  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0021  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0045  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14040  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0048  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0045  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0091  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_R0056  tRNA-Phe  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.0000288017  normal  0.0354601 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0019  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216458  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0018  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>