55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1351 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1351  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000889574 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0038  tRNA-Gly  94.03 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0059  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0061  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0105  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0055  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0020  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.748277  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0051  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273247  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0002  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.367155  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0098  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00020662  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0006  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 66 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.926314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0026  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14032  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0017  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0020  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0044  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.363029  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0016  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0016  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0023  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>