More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0345 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0345  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  100 
 
 
355 aa  731    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5221  formate dehydrogenase beta subunit  62.2 
 
 
300 aa  402  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.848282  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5309  formate dehydrogenase beta subunit  62.2 
 
 
300 aa  402  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.721142  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5601  formate dehydrogenase beta subunit  61.95 
 
 
300 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.328935  normal  0.536935 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19180  formate dehydrogenase beta subunit  62.16 
 
 
337 aa  388  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.0039184  normal  0.491864 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0022  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  59.57 
 
 
294 aa  370  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0823492 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3729  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain- containing protein  59.24 
 
 
288 aa  350  2e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0333734  normal  0.0379764 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04210  formate dehydrogenase beta subunit  50.66 
 
 
391 aa  333  4e-90  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.344233  normal  0.126289 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2725  formate dehydrogenase beta subunit  53.94 
 
 
312 aa  325  9e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00195593  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5277  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  51.86 
 
 
332 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0823  formate dehydrogenase beta subunit  51.51 
 
 
310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3576  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  52.81 
 
 
333 aa  304  2.0000000000000002e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.403029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0875  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  51.51 
 
 
310 aa  302  6.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09610  formate dehydrogenase beta subunit  50.88 
 
 
333 aa  302  7.000000000000001e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.615061  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0871  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  51.51 
 
 
310 aa  302  7.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0861  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  52.61 
 
 
309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0491608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5827  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  49.19 
 
 
320 aa  269  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.0867479 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  70.9 
 
 
376 aa  268  1e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.622574  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2180  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  49.49 
 
 
264 aa  266  5e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0611  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.37 
 
 
279 aa  259  6e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0861  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  46.58 
 
 
270 aa  258  2e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2292  formate dehydrogenase beta subunit  42.95 
 
 
260 aa  252  9.000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.317566  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0826  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.14 
 
 
290 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.456619  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2592  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.27 
 
 
275 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1738  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.65 
 
 
294 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.213918  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2087  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.65 
 
 
292 aa  160  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2172  formate dehydrogenase, beta subunit  34.32 
 
 
294 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.402414  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2182  formate dehydrogenase, beta subunit  34.32 
 
 
294 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1558  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.32 
 
 
294 aa  160  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1657  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.32 
 
 
294 aa  160  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01433  formate dehydrogenase-N, Fe-S (beta) subunit, nitrate-inducible  34.32 
 
 
294 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01445  hypothetical protein  34.32 
 
 
294 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1699  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  34.32 
 
 
294 aa  159  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.808171  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0533  formate dehydrogenase, beta subunit  32.8 
 
 
316 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3880  formate dehydrogenase, beta subunit  32.7 
 
 
304 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.670171  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3378  formate dehydrogenase, beta subunit  32.7 
 
 
304 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749557  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3262  formate dehydrogenase, beta subunit  32.4 
 
 
305 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0524  formate dehydrogenase, beta subunit  32.48 
 
 
316 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0490  formate dehydrogenase, beta subunit  32.48 
 
 
316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.373896 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2099  formate dehydrogenase beta subunit  32.38 
 
 
304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.860048 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4362  formate dehydrogenase-O iron-sulfur subunit  32.01 
 
 
300 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0545  formate dehydrogenase, beta subunit  32.17 
 
 
318 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4427  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  32.01 
 
 
300 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1285  formate dehydrogenase, beta subunit  31.82 
 
 
302 aa  153  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.519399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4118  putative aerobic formate dehydrogenase, iron-sulfur subunit  33.12 
 
 
323 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4381  formate dehydrogenase, beta subunit  32.38 
 
 
304 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.762924  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3985  formate dehydrogenase, beta subunit  32.38 
 
 
304 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3769  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  33.12 
 
 
323 aa  152  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3543  formate dehydrogenase, beta subunit  32.38 
 
 
304 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0467052  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0039  formate dehydrogenase, beta subunit  33.12 
 
 
323 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0085  formate dehydrogenase, beta subunit  31.73 
 
 
299 aa  152  8e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2053  formate dehydrogenase beta subunit  33.99 
 
 
294 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1428  formate dehydrogenase, beta subunit  32.01 
 
 
300 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3046  formate dehydrogenase, beta subunit  32.76 
 
 
302 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4271  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.68 
 
 
300 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4316  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.68 
 
 
300 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4249  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.68 
 
 
300 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.896409  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1774  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  33 
 
 
294 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0796568  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4596  formate dehydrogenase, beta subunit  32.38 
 
 
304 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.247951  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1685  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  33 
 
 
294 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4086  formate dehydrogenase beta subunit  30.79 
 
 
307 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.681709  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1746  formate dehydrogenase iron-sulfur subunit  33 
 
 
294 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.644795  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1596  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  33 
 
 
294 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6559  formate dehydrogenase, beta subunit  31.11 
 
 
310 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  hitchhiker  0.00275448 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1091  formate dehydrogenase, beta subunit  32.91 
 
 
311 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  0.917887 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1683  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit  33 
 
 
292 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03778  formate dehydrogenase-O, Fe-S subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4372  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4422  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4091  formate dehydrogenase, beta subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03727  hypothetical protein  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4125  formate dehydrogenase, beta subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5343  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.82838 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4121  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2552  formate dehydrogenase beta subunit  31.75 
 
 
310 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4279  formate dehydrogenase-O, iron-sulfur subunit  31.82 
 
 
300 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0708  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2518  formate dehydrogenase, beta subunit  31.73 
 
 
300 aa  149  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.583749  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1682  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.777312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0729  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1693  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1900  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2395  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496326  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2258  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.103418  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0572  formate dehydrogenase, beta subunit  32.06 
 
 
304 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0383957  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1334  formate dehydrogenase, beta subunit  32.08 
 
 
302 aa  149  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2699  formate dehydrogenase beta subunit  30.51 
 
 
311 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3755  formate dehydrogenase beta subunit  33.76 
 
 
291 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2661  formate dehydrogenase, beta subunit  31.74 
 
 
302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.577915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63580  nitrate-inducible formate dehydrogenase, beta subunit  30.34 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03820  formate dehydrogenase, beta subunit  33.45 
 
 
297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.217322  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5530  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit beta  30.03 
 
 
309 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3895  formate dehydrogenase, beta subunit  33.12 
 
 
291 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2864  formate dehydrogenase, beta subunit  32.99 
 
 
313 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00319725  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3811  formate dehydrogenase, beta subunit  33.12 
 
 
291 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3326  formate dehydrogenase, beta subunit  32.67 
 
 
302 aa  145  9e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.760474 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1751  formate dehydrogenase beta subunit  31.46 
 
 
295 aa  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.587203  hitchhiker  0.00082122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3489  formate dehydrogenase, beta subunit  32.23 
 
 
309 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0543502  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1574  Formate dehydrogenase transmembrane domain protein  31.88 
 
 
262 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0661  formate dehydrogenase, beta subunit  32.18 
 
 
323 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.205102  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>