More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0029 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0021  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1472 bp  821    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810418  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0054  16S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 1469 bp  1251    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.859756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0051  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1474 bp  1261    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.26221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6501  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 		 1485 bp  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0043  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1475 bp  676    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0064  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1486 bp  2946    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00897748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0005  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1480 bp  660    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0015  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1486 bp  2946    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.857028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6013  16SrRNA  86.36 
 
 		 1462 bp  646    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1491 bp  724    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1491 bp  724    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1454 bp  724    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1460 bp  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 1472 bp  708    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 1472 bp  708    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0021  16S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 1479 bp  724    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705337 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0032  16S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 1550 bp  662    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0577345 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0043  16S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 1550 bp  662    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0072  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  724    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525024  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1460 bp  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r1  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1475 bp  807    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00986669  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6006  16SrRNA  86.36 
 
 		 1462 bp  646    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.504592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0066  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1472 bp  821    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0923471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0035  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1472 bp  821    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 1460 bp  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0043  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1456 bp  807    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.740548  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0063  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1480 bp  660    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.675179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1466 bp  642    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1466 bp  642    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 		 1477 bp  1267    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 		 1477 bp  1267    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 		 1477 bp  1267    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 		 1477 bp  1267    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 1466 bp  644    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1479 bp  1094    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1479 bp  1094    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1479 bp  1094    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0054  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  724    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.7267  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0008  16S ribosomal RNA  87.21 
 
 		 1479 bp  1201    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0008  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1472 bp  821    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.789888  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1460 bp  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1460 bp  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  86.77 
 
 		 1489 bp  660    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  86.77 
 
 		 1489 bp  660    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0006  16S ribosomal RNA  88.56 
 
 		 1478 bp  1316    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0018  16S ribosomal RNA  88.56 
 
 		 1478 bp  1316    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4846  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1497 bp  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0349073  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0811  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1497 bp  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00289135  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5403  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1497 bp  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00231209  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0018  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  724    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0010  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  724    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  86.63 
 
 		 1475 bp  652    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  86.63 
 
 		 1475 bp  652    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0041  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1472 bp  821    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.161232  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0053  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1480 bp  660    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0029  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1486 bp  2946    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0033  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1475 bp  676    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0035  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1486 bp  2946    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1459 bp  759    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1459 bp  759    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6504  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 		 1485 bp  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1022  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1454 bp  724    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0079  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1472 bp  821    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.154895  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0048  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1493 bp  2020    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296528  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0056  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1474 bp  1261    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.347573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1586  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1454 bp  724    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0005  16S ribosomal RNA  87.21 
 
 		 1479 bp  1201    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1794  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1454 bp  724    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00503933  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0054  16S ribosomal RNA  87.26 
 
 		 1478 bp  694    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0040  16S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 1469 bp  1251    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4504  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 		 1485 bp  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0049  16S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 1469 bp  1251    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0050  16S ribosomal RNA  87.26 
 
 		 1478 bp  694    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.487076 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0041  16S ribosomal RNA  87.26 
 
 		 1478 bp  694    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.108984 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0042  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1474 bp  1261    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.087372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  86.48 
 
 		 1460 bp  652    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  86.48 
 
 		 1460 bp  652    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0052  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1472 bp  821    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4501  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 		 1485 bp  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.60062  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 1460 bp  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 1460 bp  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0036  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1493 bp  2020    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.594639  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 1460 bp  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0002  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1456 bp  807    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6153  16S ribosomal RNA  84.7 
 
 		 1497 bp  632  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0118528  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1532 bp  632  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1518 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1529 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  84.24 
 
 		 1540 bp  630  1e-178  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  0.000000000443158  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1529 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1529 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1529 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1529 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1549 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1549 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 1529 bp  630  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>