34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4031 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_4122  phosphate-selective porin O and P  87.5 
 
 		 399 aa  730    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.556284 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4031  phosphate-selective porin O and P  100 
 
 		 400 aa  820    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.364483  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0451  phosphate-selective porin O and P  76.62 
 
 		 401 aa  644    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000298497  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0445  phosphate-selective porin O and P  75.87 
 
 		 401 aa  638    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2939  outer membrane porin FmdC, putative  66.01 
 
 		 406 aa  560  1e-158  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.440983  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0532  phosphate-selective porin O and P  62.83 
 
 		 415 aa  537  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000620522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1204  phosphate-selective porin O and P  66.23 
 
 		 403 aa  528  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00755858  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0072  phosphate-selective porin O and P  40.75 
 
 		 396 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1175  outer membrane porin FmdC, putative  31.98 
 
 		 489 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000392921  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1417  hypothetical protein  25.46 
 
 		 367 aa  82  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1253  hypothetical protein  25.41 
 
 		 455 aa  77  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00910104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2000  hypothetical protein  26.52 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0510  phosphate-selective porin O and P  25.16 
 
 		 434 aa  72  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000442371  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0983  hypothetical protein  24.76 
 
 		 416 aa  67.8  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0272  hypothetical protein  23.15 
 
 		 418 aa  63.5  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0462  hypothetical protein  23.67 
 
 		 530 aa  59.3  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.369233  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0073  phosphate-selective porin O and P  23.91 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5810  hypothetical protein  25.23 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00960319 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0157  hypothetical protein  23.11 
 
 		 382 aa  54.3  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681714 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0939  hypothetical protein  21.74 
 
 		 449 aa  51.6  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000462454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4128  phosphate-selective porin O and P  23.88 
 
 		 426 aa  51.2  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.611373 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2169  phosphate-selective porin O and P  33.61 
 
 		 475 aa  50.8  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0882405  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0801  phosphate-selective porin O and P  30.22 
 
 		 473 aa  49.3  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.167579  normal  0.676096 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0056  hypothetical protein  20.92 
 
 		 459 aa  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000444943  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4495  phosphate-selective porin O and P  31.01 
 
 		 554 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0960  hypothetical protein  29.1 
 
 		 445 aa  46.6  0.0007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000766698  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2627  phosphate-selective porin O and P  23.79 
 
 		 417 aa  46.6  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00186911  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1473  hypothetical protein  26.8 
 
 		 494 aa  45.8  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00085768  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2588  phosphate-selective porin O and P  27.73 
 
 		 480 aa  45.8  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4382  phosphate-selective porin O and P  30.89 
 
 		 502 aa  45.8  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.362947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4013  phosphate-selective porin O and P  30.89 
 
 		 502 aa  45.8  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0947  hypothetical protein  29.41 
 
 		 512 aa  44.7  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4037  phosphate-selective porin O and P  22.98 
 
 		 426 aa  44.3  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0892  phosphate-selective porin O and P  26.09 
 
 		 511 aa  43.9  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>