34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2956 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_2956  outer membrane porin  100 
 
 		 468 aa  960    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00243761  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00629  hypothetical protein  99.79 
 
 		 468 aa  958    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0734  outer membrane porin, OprD family  91.24 
 
 		 468 aa  894    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.897732  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0843  outer membrane porin, OprD family  91.24 
 
 		 468 aa  894    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0807  OprD family outer membrane porin  91.24 
 
 		 468 aa  894    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0746  outer membrane porin, OprD family  91.03 
 
 		 468 aa  892    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0569  outer membrane porin, OprD family  99.57 
 
 		 468 aa  957    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000403252  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0703  OprD family outer membrane porin  99.15 
 
 		 468 aa  954    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000220662  normal  0.949628 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2975  outer membrane porin  99.79 
 
 		 468 aa  958    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.162497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2993  outer membrane porin  68.38 
 
 		 473 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0325  OprD family outer membrane porin  68.38 
 
 		 473 aa  649    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038295  normal  0.923743 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1230  outer membrane porin  74.84 
 
 		 467 aa  716    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.033366  normal  0.0846349 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0709  porin D  99.79 
 
 		 468 aa  958    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000316757  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0728  OprD family outer membrane porin  99.79 
 
 		 468 aa  958    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00197385  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2905  OprD family outer membrane porin  68.38 
 
 		 473 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0155537  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00638  predicted outer membrane porin  99.79 
 
 		 468 aa  958    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.207066  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1196  outer membrane porin  88.68 
 
 		 465 aa  852    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000266112  decreased coverage  0.0000340238 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1391  outer membrane porin  38.2 
 
 		 447 aa  318  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01313  hypothetical protein  35.4 
 
 		 461 aa  188  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004152  N-acetylglucosamine-regulated outer membrane porin  28.71 
 
 		 469 aa  131  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.569888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  24.59 
 
 		 448 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  24.07 
 
 		 418 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  23.25 
 
 		 446 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  23.74 
 
 		 417 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  21.58 
 
 		 439 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  23.22 
 
 		 417 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  21.32 
 
 		 443 aa  50.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  23.74 
 
 		 417 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  21.04 
 
 		 439 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  20.62 
 
 		 439 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  20.62 
 
 		 439 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  29.55 
 
 		 440 aa  43.9  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4465  porin, putative  21.61 
 
 		 450 aa  43.9  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  20.12 
 
 		 471 aa  43.5  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>