More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2073 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2073  ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
128 aa  241  3e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  63.28 
 
 
128 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1454  50S ribosomal protein L7/L12  71.09 
 
 
127 aa  139  9e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  70.63 
 
 
128 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2995  50S ribosomal protein L7/L12  72.66 
 
 
127 aa  136  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2782  ribosomal protein L7/L12  71.88 
 
 
127 aa  128  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0168829  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
125 aa  128  3e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  67.97 
 
 
127 aa  126  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  63.2 
 
 
124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0440  50S ribosomal protein L7/L12  72.8 
 
 
127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
121 aa  124  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 
122 aa  124  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0352  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
122 aa  124  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0074009  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 
122 aa  124  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0618  50S ribosomal protein L7/L12  65.62 
 
 
127 aa  123  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000123102 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  63.2 
 
 
125 aa  123  7e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
121 aa  122  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  56 
 
 
121 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  65.62 
 
 
127 aa  120  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
124 aa  120  8e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
125 aa  118  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  118  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  63.28 
 
 
127 aa  118  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1338  50S ribosomal protein L7/L12  64.84 
 
 
126 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0508  50S ribosomal protein L7/L12  65.6 
 
 
125 aa  115  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000524403  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0527  50S ribosomal protein L7/L12  65.6 
 
 
125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.359343  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
125 aa  114  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1457  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 
125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000553031  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  57.03 
 
 
126 aa  114  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 
127 aa  112  1.0000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1060  50S ribosomal protein L7/L12  64.84 
 
 
126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.178892  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  52.46 
 
 
125 aa  111  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
127 aa  110  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0233  ribosomal protein L7/L12  64 
 
 
129 aa  110  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.643135  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0925  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  62.7 
 
 
128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3886  ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.449029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2469  50S ribosomal protein L12P  60.33 
 
 
126 aa  108  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130995  hitchhiker  0.00690979 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1548  ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 
127 aa  108  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.852192 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4017  ribosomal protein L7/L12  54.69 
 
 
127 aa  108  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.712821  normal  0.474419 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0214  ribosomal protein L7/L12  57.03 
 
 
126 aa  107  4.0000000000000004e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00226  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
122 aa  107  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2809  50S ribosomal protein L7/L12  56.15 
 
 
130 aa  107  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299683  normal  0.290865 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2642  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3817  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611974  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3787  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.229849  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3468  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108927  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3755  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.062938  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1913  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000803393  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3179  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000124958  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
126 aa  107  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
126 aa  107  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  54.1 
 
 
125 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03862  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000247439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4009  ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000814927  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3336  50S ribosomal protein L7/L12  64 
 
 
126 aa  105  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000195051 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0446  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690504  unclonable  0.000000216154 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03815  hypothetical protein  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000273173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4434  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00187873  hitchhiker  0.00000582659 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3190  50S ribosomal protein L7/L12  63.2 
 
 
124 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.603289  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0209  ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
121 aa  105  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000161356  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4219  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137425  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01080  ribosomal protein L7/L12  64 
 
 
123 aa  105  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381028  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0476  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  46.4 
 
 
121 aa  105  2e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4039  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00670642  hitchhiker  0.000881188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5451  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000730473  hitchhiker  0.0030051 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0479  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00592833  hitchhiker  0.00479203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4757  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0149649  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4474  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000613838  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4527  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000174413  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0866  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
128 aa  105  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5087  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167617  normal  0.833484 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3732  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
122 aa  105  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0318  50S ribosomal protein L7/L12  62.5 
 
 
126 aa  104  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0132009  hitchhiker  0.00085028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0338  50S ribosomal protein L7/L12  55.47 
 
 
122 aa  104  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002172  LSU ribosomal protein L7/L12 (L23e)  54.4 
 
 
122 aa  104  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000104246  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3861  50S ribosomal protein L7/L12  55.47 
 
 
122 aa  104  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000856877  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4362  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
121 aa  104  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.993642  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4558  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
121 aa  104  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.347891  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4481  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
121 aa  104  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102709 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4394  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
121 aa  104  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000226611  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4484  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
121 aa  104  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000110879 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0977  50S ribosomal protein L7/L12  61.98 
 
 
125 aa  103  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513658 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 
121 aa  103  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0196  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
121 aa  103  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000850088  normal  0.220465 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0463  50S ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 
128 aa  103  8e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.228162  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0478  50S ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 
128 aa  103  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2332  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  103  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.140458  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4064  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
121 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112087  hitchhiker  0.00864262 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4474  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
121 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0188  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
121 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000136924  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0192  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
121 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000934048  hitchhiker  0.00053412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06160  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 
122 aa  102  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2867  50S ribosomal protein L7/L12  56 
 
 
121 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00346272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>