56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2424 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2424  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 		 580 aa  1209    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000593134  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3543  hypothetical protein  33.39 
 
 		 532 aa  296  6e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.311646  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41750  hypothetical protein  33.51 
 
 		 532 aa  294  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2534  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.32 
 
 		 529 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0440745  normal  0.0385583 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1798  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.7 
 
 		 515 aa  256  9e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.764678  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.7 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.51 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.61 
 
 		 439 aa  75.1  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.23 
 
 		 458 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.71 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  24.43 
 
 		 407 aa  67.8  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1288  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.2 
 
 		 565 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  21.97 
 
 		 421 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.24 
 
 		 416 aa  63.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.1 
 
 		 421 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.03 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.82 
 
 		 453 aa  61.2  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4038  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.813812  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.23 
 
 		 424 aa  60.8  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3997  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 		 410 aa  60.1  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0634877  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0024  toluene transport protein, putative  21.28 
 
 		 461 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.137484  normal  0.133309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3896  hypothetical protein  25.74 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.35 
 
 		 450 aa  56.2  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.14 
 
 		 426 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.22 
 
 		 450 aa  54.3  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  20.38 
 
 		 423 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.93 
 
 		 450 aa  53.9  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0053  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.89 
 
 		 471 aa  53.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.72 
 
 		 420 aa  53.5  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0134  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.68 
 
 		 471 aa  52.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.512951  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.08 
 
 		 417 aa  52.4  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1588  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.9 
 
 		 422 aa  52  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000227474  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.48 
 
 		 428 aa  52  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  20.55 
 
 		 427 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.93 
 
 		 419 aa  50.4  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0907  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.64 
 
 		 430 aa  49.7  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000931505 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  20.99 
 
 		 424 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  23.47 
 
 		 409 aa  49.3  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  21.47 
 
 		 420 aa  48.5  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.71 
 
 		 452 aa  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2170  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  19.94 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000480388  decreased coverage  0.000000000685095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2542  outer membrane protein, OMPP1/FadL/TodX family  19.94 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0142574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  20.39 
 
 		 463 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0032  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.37 
 
 		 466 aa  47.4  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2330  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26 
 
 		 475 aa  45.8  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402524  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  21.97 
 
 		 464 aa  45.8  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.57 
 
 		 406 aa  46.2  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.27 
 
 		 400 aa  45.1  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.39 
 
 		 410 aa  45.4  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.89 
 
 		 451 aa  45.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0747  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.28 
 
 		 435 aa  44.7  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000126668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.52 
 
 		 401 aa  44.7  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.88 
 
 		 448 aa  44.7  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  19.06 
 
 		 422 aa  44.7  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.38 
 
 		 450 aa  44.3  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.2 
 
 		 448 aa  44.3  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>