More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2160 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2160  PP-loop domain protein  100 
 
 		 264 aa  550  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.238874  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0147  PP-loop domain-containing protein  64.37 
 
 		 248 aa  342  2.9999999999999997e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.745824 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2293  PP-loop domain protein  63.07 
 
 		 248 aa  325  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0244  hypothetical protein  59.5 
 
 		 250 aa  302  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3474  PP-loop domain protein  54.2 
 
 		 249 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1080  PP-loop domain protein  50 
 
 		 245 aa  256  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  0.20171 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1613  PP-loop domain-containing protein  35.34 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2223  PP-loop domain-containing protein  35.83 
 
 		 264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2544  PP-loop domain protein  31.22 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.203919  normal  0.870169 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1247  ExsB family protein  31.08 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400272  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1059  PP-loop family protein  31.08 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2599  PP-loop domain protein  28.89 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526821  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0127  C32 tRNA thiolase  30.47 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1810  PP-loop domain-containing protein  34.17 
 
 		 235 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000657331  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3499  C32 tRNA thiolase  30.8 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00810912  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3336  C32 tRNA thiolase  31.42 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.167025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1130  PP-loop domain protein  34.93 
 
 		 256 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1463  PP-loop domain-containing protein  32.58 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1407  PP-loop family protein  34.93 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0629  PP-loop domain protein  31.76 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4975000000000002e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0615  C32 tRNA thiolase  31.76 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0687614  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0635  PP-loop domain protein  29.41 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000208948  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3405  PP-loop domain protein  28.57 
 
 		 239 aa  102  8e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2579  PP-loop domain protein  33.01 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0282863 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0671  C32 tRNA thiolase  30.56 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.51504e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2181  ATPase  28.89 
 
 		 237 aa  100  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000263465  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1247  C32 tRNA thiolase  29.68 
 
 		 313 aa  99.4  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0815  PP-loop  33.18 
 
 		 338 aa  99  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1993  C32 tRNA thiolase  30.59 
 
 		 302 aa  98.6  8e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1203  C32 tRNA thiolase  31.63 
 
 		 274 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4231  PP-loop domain-containing protein  29.68 
 
 		 310 aa  98.6  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.92927  normal  0.191142 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0711  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 252 aa  98.6  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128348  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4076  C32 tRNA thiolase  31.63 
 
 		 274 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1243  C32 tRNA thiolase  31.63 
 
 		 274 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000805224 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1896  C32 tRNA thiolase  31.88 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.318261 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2880  hypothetical protein  33.17 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1684  hypothetical protein  33.5 
 
 		 274 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0516  C32 tRNA thiolase  30.24 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.366068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4232  C32 tRNA thiolase  30.88 
 
 		 274 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.636295  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4186  C32 tRNA thiolase  30.05 
 
 		 274 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1238  PP-loop domain protein  29.29 
 
 		 283 aa  97.1  2e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48870  C32 tRNA thiolase  30.05 
 
 		 274 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000116894  hitchhiker  0.0000000652379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1641  C32 tRNA thiolase  31.12 
 
 		 274 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.822283  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0494  C32 tRNA thiolase  29.68 
 
 		 317 aa  97.1  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0548366 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0505  PP-loop domain protein  29.68 
 
 		 317 aa  97.1  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2075  PP-loop domain protein  30.6 
 
 		 280 aa  96.3  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3705  C32 tRNA thiolase  30.39 
 
 		 274 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248731  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1750  C32 tRNA thiolase  32.47 
 
 		 368 aa  95.9  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000779647 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2975  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  95.9  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2366  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 326 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3000  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2980  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6329  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2225  C32 tRNA thiolase  30.1 
 
 		 310 aa  94.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28353 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0942  PP-loop domain-containing protein  31.87 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.907512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0799  PP-loop domain protein  29.11 
 
 		 247 aa  94.4  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4089  C32 tRNA thiolase  29.29 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2890  C32 tRNA thiolase  29.7 
 
 		 340 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3381  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000151455  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0327  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0519  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2962  C32 tRNA thiolase  28.78 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.828296  normal  0.0229557 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3054  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.31194  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0340  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0184  C32 tRNA thiolase  30.43 
 
 		 314 aa  93.6  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33230  C32 tRNA thiolase  29.56 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259091  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2039  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.605016  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2245  C32 tRNA thiolase  30.2 
 
 		 331 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0974  PP-loop domain protein  28.31 
 
 		 309 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0753  C32 tRNA thiolase  32.06 
 
 		 283 aa  93.2  4e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3027  C32 tRNA thiolase  29.21 
 
 		 334 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1738  C32 tRNA thiolase  31.9 
 
 		 313 aa  92.8  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03846  C32 tRNA thiolase  30.81 
 
 		 305 aa  92.8  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0290  C32 tRNA thiolase  29.7 
 
 		 331 aa  92.4  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1778  C32 tRNA thiolase  30.92 
 
 		 311 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1793  C32 tRNA thiolase  30.43 
 
 		 302 aa  92.4  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0735  C32 tRNA thiolase  32.06 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2892  C32 tRNA thiolase  29.35 
 
 		 336 aa  92.4  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588342 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2142  C32 tRNA thiolase  30.29 
 
 		 311 aa  92  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.614557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1321  PP-loop domain-containing protein  28.63 
 
 		 252 aa  92  8e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.32014  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01321  predicted C32 tRNA thiolase  30.1 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2299  PP-loop domain protein  30.1 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00162169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1461  C32 tRNA thiolase  30.92 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1558  C32 tRNA thiolase  30.92 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2415  C32 tRNA thiolase  29.76 
 
 		 319 aa  92  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.170221  decreased coverage  0.000000170238 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1043  C32 tRNA thiolase  29.27 
 
 		 310 aa  92  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00286005  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1993  C32 tRNA thiolase  30.92 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.800343 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2281  C32 tRNA thiolase  30.92 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.787518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01331  hypothetical protein  30.1 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2316  C32 tRNA thiolase  31.1 
 
 		 311 aa  91.3  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1589  C32 tRNA thiolase  30.1 
 
 		 311 aa  91.3  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10299  predicted protein  28.72 
 
 		 199 aa  91.7  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.127345  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1801  C32 tRNA thiolase  29.47 
 
 		 319 aa  91.3  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2221  C32 tRNA thiolase  29.68 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3730  C32 tRNA thiolase  29.35 
 
 		 336 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2607  C32 tRNA thiolase  28.29 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.560057 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02065  C32 tRNA thiolase  28.05 
 
 		 317 aa  90.5  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00588797  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2723  C32 tRNA thiolase  30.49 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0610151 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1708  PP-loop domain protein  29.96 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0206  C32 tRNA thiolase  29.35 
 
 		 336 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>